
计算干货||用SambVca在线工具研究配体的空间性质 - 知乎
用于表征配体体积最常用的参数有二,其一为 圆锥角 (cone angle),适合表征膦配体等近似为圆锥形的配体;而对于更广泛的配体,更适合通过percentage buried volume来表征。 其定义为,在一个以金属原子为中心,半径3.5 A的球体内,配体的范德华半径所占据的体积占球体总体积的百分数。 这一参数已成为最重要的表征配体大小的数据之一。 对方法学研究,希望研究配体体积与反应效率和选择性关系者,非常适合利用SambVca来得到配体立体信息。 SambVca是Luigi …
SambVca 2. A Web Tool for Analyzing Catalytic Pockets with …
2016年6月27日 · Here, we present a Web application for analyzing the catalytic pocket of metal complexes using topographic steric maps as a general and unbiased descriptor that is suitable for every class of catalysts.
Nature Chemistry | 开源的计算机辅助蛋白酶催化剂设计工具
2019年11月18日 · topographic steric maps提供了复合物中蛋白与底物之间相互作用的图像,而该图像的相关数值可用于定量分析。 在将金属中心设置为与海平面的高度,并且整个复合体的方向已被确定为最大程度地从顶部暴露金属中心之后,高空轮廓线可以定量描述催化中心。
华东师大董开武团队Angew:烯烃的不对称迁移氢酰胺羰基化- X …
2024年8月5日 · 理论计算通过分析包埋体积率(%Vbur)、绘制拓扑空间地图(topographic steric map),揭示了配体取代基变化对反应对映选择性和催化活性的影响(图6)。 结果显示,当配体包埋体积越大时,催化口袋越深,反应对映选择性越高。 这表明:刚性的氧磷杂环骨架和大位阻取代基配合,有助于在Pd中心周围构建更深的催化口袋、营造更大的空间位阻,从而有利于烯烃迁移氢酰胺羰基化实现更高对映选择性。 图6. 配体的拓扑空间地图(topographic steric map) 综 …
SambVca - Library
The topographic steric map, which is a natural evolution of the %V. Topographic steric maps can be considered as a chemical analogue of geographical physical maps, which indicate the location of landforms like deserts, mountains and plains.
Towards the online computer-aided design of catalytic pockets
2019年9月2日 · These topographic steric maps, especially when used in conjunction with density functional theory calculations, enable catalyst structural modifications to be explored quickly, making the...
Steric Maps to Evaluate the Role of Steric Hindrance on the IPr …
2013年1月1日 · The modification consists in the substitution of the methyl groups of ortho isopropyl substituent with phenyl groups, and here we plan to describe how such significant changes effect the metal environment and therefore the …
有使用过配体埋藏体积的计算软件sambvca吗?有没有编译成桌面 …
2021年7月10日 · 您好,我最近尝试使用此web版软件 (https://www.aocdweb.com/OMtools/sambvca2.1/index.html)计算埋藏体积,但是在最后一步提交之后一直出现错误“internal error:cannot open file input file”。 由于之前使用时未出现此问题,不知是否为web版的问题。 我尝试在此官网下载源码亦失败。 不知您是否下载过源码,若下载过请问是否可以请您分享一下? 非常感谢! 您好,我最近尝试使用此web版软件 …
SambVca在线工具研究配体的空间性质 - CSDN博客
SambVca是一个在线工具,用于分析配体的percentage buried volume和立体位阻分布,尤其适用于研究化学反应中的配体性能。 用户可上传结构文件,通过设定相关参数获取配体的空间信息,帮助理解反应效率和选择性。 背景知识: 配体的空间位阻信息 是影响配体 性能 的重要因素。 用于表征配体体积最常用的参数有二,其一为圆锥角(cone angle),适合表征膦配体等近似为圆锥形的配体;而对于更广泛的配体,更适合通过percentage buried volume来表征。 其定义为,在 …
保姆级教程 | origin绘制steric map(立体图) - CSDN博客
由于在研究过程中发现了个网站可以自动绘制如下立体图(左侧),但想进行个性化修改却没办法实现,现在在origin里研究如何绘制这种效果的立体图(右侧),根据流程做完后点击“Map raw data”,将该图片的原始数据保留到本地。