2021年10月11日 · 在单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据中，共享 VJ 和 VDJ 链（例如，α 和 β TCR 链）的相同互补决定区 3 (CDR3) 核苷酸序列的 T 或 B 细胞构成克隆型。 .Scirpy 提供了一种基于 CDR3 序列同一性或相似性来定义克隆型的灵活方法。

2019年3月19日 · T细胞受体是T细胞识别靶细胞表面特异性抗原的蛋白分子，由α链和β链（分别由TRA和TRB编码）或者γ链和δ 链（分别由TRG和TRD编码）构成的异二聚体，主要是以α链和β链构成的异二聚体为主。 α链和β链由恒定区（C区）、可变区（V区）、跨膜区及胞质区等组成，V区是特异性识别抗原肽/组织相容性抗原复合物（MHC）的关键部位。 α链和β链的V区均含有3个高变区，又称互补决定区（CDR），分别为CDR1,CDR2,CDR3，而β链还 …

2020年12月1日 · We obtained the TRB VDJ recombination reads from both the blood and tumor exome files and determined the V and J identities. We then established case ID (patient) subsets of V or J usage, HLA alleles, and determined, for example, that the TRBJ2-7, HLA-B*40:01 combination was associated with a better disease free survival rate than were either ...

免疫组库分析是指通过 高通量测序技术，对机体免疫组库的多样性及每种 T、B细胞克隆的独特性序列组成和变化进行分析，从而全面评估机体的免疫状态，明确疾病与T、B细胞克隆组成及变化之间的关系，是免疫学和医学领域常用的分析方法。 从 Releases · milaboratory/mixcr 和 Release 1.2.1 · mikessh/vdjtools 下载MiXCR和VDJtools的压缩包并解压。 从 java.com/en/download/ 下载Java组件并按照提示安装，因为MiXCR和VDJtools都基于java编写，因此需要java运行。 一 …

在B细胞和T细胞中发现的受体分别被称为B细胞受体（B Cell Receptor ，BCR）和T细胞受体（T Cell Receptor，TCR）。 抗原的检测过程因白细胞（淋巴细胞（lymphocyte）是白细胞的一种，是体积最小的白细胞）类型的不同而不同，如B细胞或T细胞。 B细胞受体与自由存在的可溶性抗原结合，而T细胞受体仅在主要组织相容性复合体 (MHC)上识别抗原。 这是B细胞受体和T细胞受体的关键区别。 当我们把BCR/TCR的结构放大之后是这样的： 以B细胞抗原受体（BCR）为例，它 …

We obtained the TRB VDJ recombination reads from both the blood and tumor exome files and determined the V and J identities. We then established case ID (patient) subsets of V or J usage, HLA alleles, and determined, for example, that the TRBJ2-7, HLA-B*40:01 combination was associated with a better disease free survival rate than were either ...

对于linux服务器而言，可以直接通过 https://github.com/mikessh/vdjtools/releases/tag/1.2.1，进行下载。 zip安装包中包含了所需的jar文件，无需编译，下载即用。 事例： Variable (V) segment name. V区基因名. Diversity (D) segment name for some of the receptor chains (TRB, TRD and IGH). Set to . if not aplicable or D segment was not identified. D区基因名，如果是.则是未获得. Joining (J) segment name. J区基因名.

2024年11月6日 · 在本实验中，我们利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高通量测序（HTS）研究 CDR3组库中，V...

T/B淋巴细胞发育成熟时会发生受体基因重排的现象，这个特征在淋巴瘤诊疗中发挥着重要作用。 CSCO淋巴瘤诊疗指南 2020版中指出Ig/ TCR 克隆性重排检测可辅助： ①良、恶性较难鉴别的病变； ②疑似淋巴瘤； ③某些特定病种的诊断与鉴别； ④细胞构成较复杂或免疫标记难以区分细胞系的肿瘤； ⑤肿瘤克隆相关性分析； ⑥微小残留病灶评估。 NCCN B细胞淋巴瘤2020年版本1中指出， 当淋巴结不易进行切除或切开活检时，结合芯针活检以及适当的辅助技术（免疫球蛋 …

2023年6月20日 · STARTRAC是发表于2018年的NATRUE 文章（Lineage tracking reveals dynamic relationships of T cells in colorectal cancer）中的分析方法，可以应用于单细胞免疫组库数据来揭示T细胞动态变化的分析。 原理假设认为克隆型一致的细胞来源一致，可以定量刻画T细胞的组织分布、克隆扩增、组织迁移和状态变化等。 上图中不同颜色的圆球代表不同的T细胞类型，圆球上不同颜色的“Y”代表了不同的TCR克隆型，右边给出了简单的算法。 其中 expansion …