FPKM 与 RPKM 非常相似。RPKM 是为 单端 RNA-seq 制作的，其中每个读数对应一个已测序的片段。FPKM 是为 配对末端 RNA-seq 制作的。使用配对末端 RNA-seq，两个读数可以对应一个片段，或者，如果对中的一个读数没有映射，一个读数可以对应一个片段。

FPKM: FPKM的全称为Fragments Per Kilobase Million，Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments(每千个碱基的转录每百万映射读取的fragments)。通俗讲，把比对到的某个基因的Fragment数目，除以基因的长度，其比值再除以所有基因的总长度。

2024年11月23日 · 全称为 Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments ，FPKM与RPKM的原理类似，区别在于FPKM是Fragments，而RPKM则是reads。 在二代RNA-Seq建库时把DNA打断成小片段（fragment）后加上接头，然后再测序。

FPKM/RPKM (fragments/reads per kilobase of exon per million mapped fragments/reads)计算公式为： 其中 qi 为基因i的原始reads或fragments数， li 为基因i的转录本长度， qj 为整个文库的reads或fragments (双端测序中配对的两个reads)数，那么这个公式得到的值就是每百万reads或fragments获得对应基因的一千个bp转录本包含的reads数 (稍微有点不通顺，大家还是看公式：RPKM=10**9* (当前基因比对到的总reads/ (文库比对到的总reads*当前基因转录本长度)))， …

2023年5月12日 · 在RNA-Seq的分析中，我们常用RPKM、FPKM和TPM作为转录组数据定量的表示方法。 它们都是对表达量进行标准化的方法，为何不直接用read数表示，而选标准化呢? 因为落在一个基因区域内的read数目取决于基因长度和测序深度。

2024年10月24日 · TPM与FPKM的不同： FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）用于标准化基因长度和测序深度，但在不同样本间直接比较时可能存在偏差。 TPM改进了FPKM的方法，使得不同样本之间的表达量比较更加一致。计算TPM时，首先标准化基因长度，然后标准化总 ...

2025年1月14日 · RPKM和FPKM有什么区别？ RPKM主要用于单端测序（single-end sequencing）数据，即每个转录本只产生一个读段（read）。 FPKM主要用于双端测序（paired-end sequencing）数据，这种测序方式会产生成对的读段，每对读段通常来自同一转录本的同一片段（fragment）。

2024年3月22日 · FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）是一种常用的基因表达量单位，用于衡量基因在转录组中的相对表达水平。 该代码将 count 数据通过 计算 公式转换为 FPKM 值，并将结果保存为CSV文件。

2021年2月17日 · FPKM和RPKM的定义是相同的，唯一的区别是FPKM适用于双端测序文库，而RPKM适用于单端测序文库。 FPKM会将配对比对到一个片段（fragment）上的两个reads计算一次，接下来的计算过程跟RPKM一样。 下面，终于轮到TPM登场了。 虽然同样是标准化测序深度和基因长度，TPM的不同在于它的处理顺序是不同的。 即先考虑基因长度，再是测序深度。 我们仍以表1的那个例子来说明TPM是计算过程。 第一步直接除以基因长度，得到reads per …

FPKM：我们把比对到的某个基因i的Fragment数目，除以基因的长度，其比值再除以所有基因的总长度。 注意，严格来讲，这里的基因长度是指基因i外显子的总长度。