Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) is a machine learning algorithm used for dimensionality reduction to visualize high parameter datasets in a two-dimensional space, an alternative to the very popular and widely used tSNE algorithm. The bioinformatics tool was developed by McInnes and Healy.

Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) is a machine learning algorithm used for dimensionality reduction to visualize high parameter datasets in a two dimensional space. (1) The UMAP plugin will run with both FlowJo and SeqGeq bioinformatics data analysis platforms.

本期跟大家讨论下 FlowJo 大数据的可视化降维处理涉及的3种不同插件 t-SNE ， UMAP 和 TriMAP 的简要原理和特色对比。 一、可视化降维处理分析的目的——可加速复杂数据直观展现

2019年5月28日 · While the developers work to resolve this we thought we’d try out the new UMAP FlowJo plugin. The UMAP plugin has very similar issues to the tSNE plugin that I discussed recently in the following post. The main issue is that there is no expedient way to run an analysis on all of the samples at once.

2024年12月20日 · 上回书我们说到在flowjo中用tSNE or UMAP来对细胞亚群进行可视化，但没有提到具体的细节，这回小编找到了一个好东西，转给大家~ 准备工作. FlowJo Exchange. FlowAI; FlowSOM; ClusterExplorer; UMAP; 第一步：Select “FlowAIGoodEvents”

我们常规的一个 多免疫亚群 的分析结果，是通过逐级圈门圈出来目的细胞分群的，当使用t-sne/umap等大数据分析之后呢，结果图就变为直接平铺二维模式展示所有的群落。

2024年12月20日 · 这个报错我看很多人都遇到了【[flowjo实操篇]R语言安装FlowAI_哔哩哔哩_bilibili】，一部分通过把路径的中文全部替换以后解决问题，但是这里⬇. 根据报错的原因猜测可能是R的路径有问题，因为我的R环境是R 4.4.1，但之前的路径选择的是4.2.0，所以改了一下

安装好了FlowJo，接下来就教大家如何登录： 1． 第一次安装的小伙伴们参考下列方式. 1） 一旦您安装了最新版本的FlowJo，请同意许可条款，选择Use your FlowJo Portal account（使用您的FlowJo Portal账户），然后点击完成。 输入您的FlowJo Portal ID和密码，准备好开始使用 ...

2024年1月18日 · 大家好！现有若干组别（组内N=4），Flowjo分析数据过程如下：先根据cells→single cells→live cells圈门，然后将所有样本的live cells DownSample至相同数量（如10000 cells），现想要将所有样本DownSample后concatenate，再进行T-SNE或UMAP分析。

Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) is a machine learning algorithm used for dimensionality reduction to visualize high parameter datasets in a two dimensional space. (1) The UMAP plugin will run with both FlowJo and SeqGeq bioinformatics data analysis platforms.