UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）是一种广泛用于高维数据降维的算法，在单细胞分析中常用于可视化细胞的聚类和群体关系。 以下是 UMAP 的常见参数及调整建 …

UMAP is an incredibly powerful tool in the data scientist's arsenal, and offers a number of advantages over t-SNE. While both UMAP and t-SNE produce somewhat similar output, the …

2024年7月3日 · Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) is a powerful dimension reduction technique that has gained significant traction in the fields of machine learning and …

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图： tsne / umap 图、 热图 、 堆叠小提琴图 、 气泡图 ，每个图我都会用两种方法绘制。 使用的数据来自文献：Single-cell …

2025年1月11日 · Nebulosa 是一个基于核密度估计可视化单细胞数据的 R 包，主要通过结合细胞之间的相似性来恢复丢失特征中的信号，从而实现细胞特征的“卷积”。 学习官网： …

GO（Gene Ontology，基因本体）数据库： 把基因的功能分成了三类：生物过程（biological process, BP）、细胞组分（cellular component, CC）、分子功能（molecular function, MF） …

2024年11月21日 · Uniform manifold approximation and projection (UMAP) is a nonlinear dimension reduction method often used for visualizing data and as pre-processing for further...

2025年1月20日 · UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）是一种非线性降维技术，主要用于数据可视化和异常检测。 它通过构建数据的拓扑图并优化低维表示，能够在保 …

2024年11月25日 · 降维与聚类：提供多种降维算法（如 PCA、t-SNE、UMAP）和聚类算法，用于识别组学数据中的特征模式。 可视化：绘制热图、火山图、曼哈顿图、网络图等，为生物学 …

UMAP is a general purpose manifold learning and dimension reduction algorithm. It is designed to be compatible with scikit-learn, making use of the same API and able to be added to sklearn …