R实战| PCA、tSNE、UMAP三种降维方法在R中的实现 - 知乎
在组学分析中，一般通过 降维算法 得到低纬度如二维或三维的新坐标数据，再结合 可视化技术 去展示样本的在新坐标的空间分布，接着加上统计检验结果证实整体组学水平上组间的差异性。 …
Running UMAP for data visualisation in R
2019年6月8日 · One easy way to run UMAP on your data and visualise the results is to make a wrapper function that uses the umap R package and ggplot2, this is easy to do yourself, but in …
How to make UMAP plot in R - Data Viz with Python and R
2022年1月10日 · In this tutorial, we will learn how to perform dimensionality reduction using UMAP in R and learn make a UMAP plot using ggplot2 in R. We will use Palmer Penguin …
GitHub - jlmelville/uwot: An R package implementing the UMAP ...
2024年4月21日 · An R implementation of the Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) method for dimensionality reduction of McInnes et al. (2018). Also included are the …
使用umap R包绘制UMAP图 - 简书
2019年12月16日 · 使用umap R包绘制UMAP图 一、安装. 1、conda install -c conda-forge umap-learn. 2、进入R： devtools::install_github("ropenscilabs/umapr") library(umapr) 提示： …
使用UMAP对基因组数据降维，对比PCA - 知乎 - 知乎专栏
UMAP（uniform manifold approximation and projection）是近年来新出现的一种相对灵活的 非线性降维算法，目前在统计遗传学等领域也有了较为广泛的应用。 UMAP的理论基础基于 流形 …
关于umap和tsne选哪一个 - CSDN博客
2024年3月9日 · UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projections）算法基于非局部相似度概念，旨在保持高维空间中数据点之间的全局结构，同时尽量减少低维嵌入中的离散度，生 …
如何使用R语言做UMAP图 - CSDN文库
2024年10月8日 · 在R语言中，你可以使用umap()函数来创建主成分分析(PCA)降维后的UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）图，并通过ggplot2或其他可视化库 …
单细胞分析实录 (8): 展示marker基因的4种图形（一） - 知乎
今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图： tsne / umap 图、 热图 、 堆叠小提琴图 、 气泡图 ，每个图我都会用两种方法绘制。 使用的数据来自文献：Single-cell …
Uniform Manifold Approximation and Projection in R
Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) is an algorithm for dimensional reduction. Its details are described by McInnes, Healy, and Melville and its official implementation is …
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