2022年6月17日 · I am making an interactive UMAP plot, where you can hover the mouse over a datapoint to view the sample ID. My code works, showing a plot colour coded by class and with the hover feature working. However, I can't figure out how to get it to show a legend for the classes and their colour.

降维可视化一般用 Dimplot 函数，如果使用的是UMAP方法，可以直接使用UMAPPlot函数，但是感觉效果不好或者很混乱，可以考虑使用 PCAPlot 函数。可以看到，聚类效果不错，PCA不同细胞群还是分开了。

2022年5月19日 · sc. pl. umap (pbmc, color = 'cell type', legend_loc = 'on data', frameon = False, legend_fontsize = 10, legend_fontoutline = 2) violin plot. 探索marker基因的另一种方式是violin plot。我们可以看到CD79A在簇4和簇6中的表达，以及MS4A1在簇4中的表达。

2024年6月22日 · 全网最好看的单细胞umap图绘制教程. 作者按. 大家或许都曾被Nature, Science上的单细胞umap图吸引过，不免心生崇拜。在这里，我们将介绍一种简单方便的顶刊级umap图可视化. 全文字数|预计阅读时间: 2000|5min ——Starlitnightly（星夜） 环境加载. 我们先导 …

UMAP is often used for visualization by reducing data to 2-dimensions. Since this is such a common use case the umap package now includes utility routines to make plotting UMAP results simple, and provide a number of ways to view and diagnose the results.

Location of legend, either 'on data', 'right margin', None, or a valid keyword for the loc parameter of Legend. legend_fontsize Union [ float , Literal [ 'xx-small' , 'x-small' , 'small' , 'medium' , 'large' , 'x-large' , 'xx-large' ], None ] (default: None )

2023年6月20日 · umap/tsne图作为单细胞转录组的王牌图形之一，当seurat 或者 singleR 直接绘制的umap/tsne 图需要调整的时候，可能比较难调整，当然AI或者PS都可以办到 。但是本次主要分享使用ggplot2进行可视化，能比较方便的进行后期的微调 ，也学习回顾了ggplot2的基本参数。

2020年10月3日 · legend = unique(iris.labels),pch=16, col = unique(iris.labels)) xlab = "UMAP_1",ylab = "UMAP_2", main = "A UMAP visualization of the iris dataset") legend = unique(iris$Species),pch=16, col = unique(iris$Species))

2022年3月14日 · 了解umap 降维是机器学习从业人员可视化和理解大型，高维数据集的强大工具。 是最广泛使用的 可视化 技术之一，但其性能在大型数据集中会受到影响，正确使用它可能会。

在进行UMAP可视化时，经常使用scanpy.pl.umap()来进行可视化，但是有时不能画出我们想要的结果，这时应该怎么办呢？