2024年9月9日 · 1．定义：UMAP图是一种基于非线性降维的可视化方式，将高维数据映射到二维或三维空间，并保持数据之间的相对距离和结构，从而使得聚类、异质性和样本间的差异更为明显。 2．用途： （1）单细胞数据分析：UMAP图可以用于单细胞测序数据的降维分析，帮助研究人员探索细胞的状态和细胞间的相似性，从而揭示细胞分化和功能编排的机制。 （2）基因组学和转录组学：UMAP图可以帮助分析高维转录组数据，主要揭示基因库表达与特定生物过程的关 …

2022年3月14日 · 除了之前说过的三种常见单细胞基因可视化方法外，还有一种最常用的就是直接在UMAP或者TSNE 降维 图上显示表达某基因的细胞，这种方式更加直观，但是只能显示一个基因，一般用于标记重要的基因。 1、降维可视化. 降维可视化一般用Dimplot 函数，如果使用的是UMAP方法，可以直接使用UMAP Plot函数，但是感觉效果不好或者很混乱，可以考虑使用PCAPlot函数。 可以看到，聚类效果不错，PCA不同细胞群还是分开了。 2、配色及修饰. …

2025年1月11日 · 1．定义：UMAP图是一种基于非线性降维的可视化方式，将高维数据映射到二维或三维空间，并保持数据之间的相对距离和结构，从而使得聚类、异质性和样本间的差异更为明显。 2．用途： （1）单细胞数据分析：UMAP图可以用于单细胞测序数据的降维分析，帮助研究人员探索细胞的状态和细胞间的相似性，从而揭示细胞分化和功能编排的机制。 （2）基因组学和转录组学：UMAP图可以帮助分析高维转录组数据，主要揭示基因库表达与特定生物过程的关 …

2025年1月9日 · UMAP 图，全称是 统一流形逼近与投影图，是数据降维可视化的神器 它能把复杂的高维数据，巧妙地投影到二维或三维空间，让我们一眼看清数据分布与关系。 在 单细胞测序分析 里，UMAP 图超有用。 不同颜色代表不同细胞类型，一个个点就像细胞 “小居民”，聚集成不同 “社区”，帮我们快速找到细胞类群。 和 PCA 、 t-SNE 比，UMAP 可厉害啦。 PCA 像个 “直线思维” 的老实人，擅长处理线性数据；t-SNE 是 “细节控”，但计算慢；UMAP 则是 “六边形战士”，兼 …

umap1/umap2代表数据降维后的两个主要方向，不直接反应物理世界，而是样本在降维后的高维结构中相对位置的抽象表示. 参考文献： 1.快速看懂文献中的umap图

2020年6月26日 · UMAP是一种新颖且有趣的降维技术，与纯机器学习半经验算法tSNE截然不同，它基于可靠的数学原理。 我来自生物学的同事告诉我，原始的UMAP论文太“数学化了”，但是，在阅读UMAP文档并观看Leland McInnes在SciPy 2018上的演讲时，我感到困惑，因为我觉得UMAP是另一种与tSNE非常相似的邻居图技术，我一直在努力了解UMAP与tSNE到底有何不同。 从UMAP论文来看，即使Leland McInnes试图在附录C中总结它们，UMAP和tSNE之间的差异 …

本文将介绍一种流行的降维技术Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP)的内部工作原理，并提供一个 Python 示例。 (UMAP) 如何工作的？ 分析 UMAP 名称. 让我们从剖析 UMAP 名称开始，这将使我们对算法应该做什么有一个大致的了解。 以下描述不是官方定义，而是我总结出来的可帮助我们理解 UMAP 的要点。 Projection ——通过投影点在平面、曲面或线上再现空间对象的过程或技术。 也可以将其视为对象从高维空间到低维空间的映射。 Approximation——算 …

2023年9月16日 · UMAP是一种非线性降维和可视化算法，全称为Uniform Manifold Approximation and Projection（均匀流形近似和投影）。 它是一种基于图论和流形学习的方法，用于将高维数据映射到低维空间，以便于可视化和分析。 UMAP的主要目标是保持数据点之间的局部结构和全局结构。 它通过构建数据点之间的邻近关系图，并利用图的拓扑结构进行流形近似和优化。 UMAP使用了一种称为高维距离的度量方式，在低维空间中通过最小化原始距离和映射距离之间的差异来 …

In this article, we'll take a look at the theory behind UMAP in order to better understand how the algorithm works, how to use it effectively, and how its performance compares with t-SNE. Figure 1: Apply UMAP projection to various toy datasets, powered by umap-js. So what does UMAP bring to the table?

2021年5月18日 · UMAP ，全称uniform manifold approximation and projection，统一流形逼近与投影，是基于黎曼几何和代数拓扑的理论框架结构构建的。 在处理大数据集时，UMAP优势明显，运行速度更快，内存占用小。 Etienne Becht等人2019年在Nature Biotechnology上发表一篇文章将其应用在生物学数据上并阐述了UMAP在处理单细胞数据方面的应用和优势。 UMAP应该说是目前最好的降维算法了，目前大部分10X单细胞的降维图谱都选择了UMAP，因为其能最大程度 …