对于linux服务器而言，可以直接通过 https://github.com/mikessh/vdjtools/releases/tag/1.2.1，进行下载。 zip安装包中包含了所需的jar文件，无需编译，下载即用。 事例： Variable (V) segment name. V区基因名. Diversity (D) segment name for some of the receptor chains (TRB, TRD and IGH). Set to . if not aplicable or D segment was not identified. D区基因名，如果是.则是未获得. Joining (J) segment name. J区基因名.

V (D)J recombination (variable–diversity–joining rearrangement) is the mechanism of somatic recombination that occurs only in developing lymphocytes during the early stages of T and B cell maturation. It results in the highly diverse repertoire of antibodies/immunoglobulins and T cell receptors (TCRs) found in B cells and T cells, respectively.

对于VDJ基因多样性的分析可以从以下几个角度来考虑：（1）比较对照和疾病组之间的VDJ差异，借此分析富集到的VDJ基因或组合的生物学作用；（2）比较相同疾病不同病人之间的VDJ基因丰度差异，借此研究疾病反应的异质性； (3)研究不同阶段，或者用药前后的 ...

2022年5月11日 · 10x Genomics发布了基于微流控和油滴包裹技术的Chromium单细胞系统平台，可实现高通量的单细胞转录组和单细胞V (D)J测序。 不但可以将TCR/BCR双链完美匹配，实现成对的重链和轻链（B细胞）或α和β链（T细胞）的全长测序。 而且可以细化到单细胞水平，同时获得表达谱信息。 同批样本可同时测得mRNA表达谱数据。 其次，具有灵活的获取量，可在7分钟内封装100-80000个单细胞，进而建库测序。 见参考，很多文章都有介绍，这里不赘述。 下 …

B细胞从干细胞发育成成熟的B细胞之前，要经历重链的VDJ基因重排和轻链的VJ基因重排；成熟的B细胞，迁移到外周淋巴器官之后，在外界抗原的刺激下，可能发生体细胞高频突变（SHM）。

In this tutorial, we will work with the Human B cells dataset from a Healthy Donor (1k cells). Watch a short video tutorial or follow the text instructions below. Open up a terminal window. You may log in to a remote server or choose to perform the compute on your local machine. Refer to the System Requirements page for details.

2024年5月4日 · 函数 scirpy.tl.define_clonotypes () 根据细胞的 VJ 和 VDJ CDR3 序列的距离以及函数参数 dual_ir 和 receptor_arms 的值来匹配细胞。 最后，它检测图中的连接模块并将它们注释为克隆型。

2024年5月20日 · 克隆共享的分析手段最终的目的在于寻找靶向VDJ序列、进而研究相对应的细胞类型，刻画T细胞功能亚群、各亚群的组织分布特征及亚群间的状态转换关系等免疫特征。

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2024年9月12日 · VDJ测序，全称为可变（Variable）、多样（Diversity）和 joining（Joining）基因重排测序，主要是用于分析免疫细胞（如T细胞和B细胞）的受体基因。 而转录组分析则是研究细胞中所有RNA的表达情况，从而揭示细胞的功能和状态。 在我做实验的过程中，有一个案例让我印象深刻。 那是我第一次尝试将VDJ测序和转录组分析结合起来。 研究对象是一组经过特定刺激的T细胞。 我首先对T细胞进行VDJ测序，发现其中有一部分T细胞的受体基因发生了重排，表明 …