wdl的变量不同于一般语言变量，应该叫“占位符”——一旦赋值之后，不能在后续运行中变化 “先声明，再使用”，变量类型有严格规定，主要体现在String和File

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2022年5月11日 · WDL的变量不同于一般语言变量，应该叫“占位符”——一旦赋值之后，不能在后续运行中变化 “先声明，再使用”，变量类型有严格规定，主要体现在String和File. 变量可出现在workflow和task，也可以在runtime属性中，使用变量，提高流程灵活性. 基础数据类型 File

2021年5月19日 · WDL基本元件有5个，分别是定义总流程的workflow、定义单个任务的task、运行任务的call、定义任务中命令的command以及输出output。 下面将以bwa比对流程为例，展示WDL的语法。WDL支持以“#”作为注释，另外为了格式规范，建议使用四个空格作为缩进。

2020年3月9日 · WDL是board推出的一套便于human readable and writable的流程编写规则，其主要的特点在于更适合于生信人员（而非纯IT人员）来书写流程。 我们先看一个hello_world的案例. input { . String pattern. File in } . command { . egrep '${pattern}' '${in}' } . runtime { . docker: "broadinstitute/my_image" } . output { . Array[String] matches = read_lines(stdout()) } } . call hello. 具体介绍前，从上面的例子我们可以总结WDL 的一些特点:

2020年9月4日 · 今天我们就来分享一个非常好用且强大的流程管理工具——WDL。 目前WDL就是这样一个具备这种潜力的工具，WDL是Broad Institute开发的“human readable and writable”定义组织任务与工作流的一种语言。 Cromwell（an execution engine that can run WDL scripts）是基于java编写的可以很好地用来执行WDL语言的引擎工具。 WDL+Cromwell就是一套很好的分析流程解决方案。 WDL：整体是由一个workflow构成，一般写在一个后缀为“.wdl”的文件里面。

2019年7月8日 · wdl如果在集群测试时，如果是自己来控制工作流程，需要将标准输出和标准错误输出输出至文件，这样输出到屏幕的返回值才能被正常的获取到 WDL的local版本测试会比较快

2018年10月29日 · The Workflow Description Language (WDL) makes it straightforward to define analysis tasks, chain them together in workflows, and parallelize their execution. 对于不同性质的数据，我们面临着不同流程、不同工具、不同参数的选择，一套合适的流程化数据处理框架至关重 …

2020年10月28日 · I'm having trouble getting WDL's read_json to work as expected when trying to create a Map[String, Map[String, String]] data structure. If I explicitly declare the data structure it works, as shown below (the gm variable): String genome_choice. String output_name = "xyz.txt" Map[String, Map[String,String]] gm = {

2022年5月11日 · tsv文件在wdl解析时，没有表头行（header），因此在scatter时需要进行特别处理。 基本格式：JSON. 结构化存储，key-value. 对于结构相对复杂的数据类型，如Map、Object，非常适合json输入输出. 输入函数以read_json为例：将一个json文件转化为Object变量