WDL学习笔记 | 生物信息文件夹
May 19, 2021 · WDL基本元件有5个，分别是定义总流程的workflow、定义单个任务的task、运行任务的call、定义任务中命令的command以及输出output。 下面将以bwa比对流程为例，展 …
WDL脚本实战（一）-工作流、程序体、语法检查、输入输出及运 …
Nov 28, 2021 · WDL是由Broad Institute开发的一种生物信息流程开发语言，与传统的shell流程相比，具有复用性好、支持多种集群架构、便于多任务并行等优势，初次接触，写了个简易流程 …
wdl教程中文版 - 知乎专栏
Jan 28, 2025 · 教程内容较长，原始 md文件有需要的，公众号后台回复"wdl教程"获取，下面为部分截图。
[每周一更]-(第112期)：WDL（Workflow Description Language） …
Aug 30, 2024 · WDL（Workflow Description Language）是一种用于定义 数据处理 工作流的语言，旨在帮助研究人员和开发人员描述和执行复杂的数据处理任务。 WDL主要用于生物信息学 …
【WDL】4. 内置函数 - 生物信息与育种 - 博客园
May 11, 2022 · 文件输入输出函数的主要作用是讲WDL中的数据传递成为文件，并将文件内容转化为WDL变量。 通常与stdout联合使用。 文件读入：read_tsv, read_json, read_lines... #文件转 …
科学网—生物信息分析流程（2） WDL入门 - 沈文龙的博文
Oct 29, 2018 · The Workflow Description Language (WDL) makes it straightforward to define analysis tasks, chain them together in workflows, and parallelize their execution. 对于不同性质 …
Cromwell +WDL学习 - CSDN博客
WDL是一种流程管理语言，语法简单，内置的支持并行等特征，适合编写pipeline。 运行wdl脚本只需两步，第一步编辑参数列表对应的json文件，第二步直接运行即可。
GATK Cromwell +WDL学习 - 代码先锋网
Cromwell是一个开源的由Java编写支持WDL的执行工具。 可以在3个平台支持支持WDL的执行：本地机器，本地服务器集群，云平台。
WDL教程-基本概念篇 - 知乎
基本的WDL包括五个重要的概念：workflow, task, call, command and output.理解了就可以完成在本地运行的基本的脚本。 除此之外，还有. runtime、parameter_meta、meta等概念，它们可 …
运行你人生中第一个WDL 流程 · XTAO Achelous
Mar 24, 2023 · 下面将向读者展示如何通过WDL脚本运行一个bwa比对作业输出bam比对结果文件。 1. 流程镜像及测试数据获取. 镜像获取 极道为用户测试提供了相应的测试数据和Docker镜 …