2023年9月1日 · In this study, we used ATAC-seq to investigate changes in chromatin accessibility upon specific depletion of two ribosome biogenesis components, RPOA-2 and GRWD-1, in the model organism Caenorhabditis elegans.

2025年2月21日 · 研究通过ATAC-seq分析发现MdRAD5B影响466个干旱响应基因的表达，并与MdLHP1互作，通过泛素非依赖的20S蛋白酶体途径降解MdLHP1，进而调控615个基因的H3K27me3沉积，揭示了MdRAD5B在苹果抗旱中的双重功能，为培育抗旱苹果品种提供了候选基 …

2024年12月26日 · PEXF dissociates RNA polymerase I from the rDNA through interaction with the rDNA promoter region in a liquid-liquid phase separation-dependent manner, therefore inhibiting the production of pre-ribosomal RNA, a key component of ribosomes. This finding reveals a potential mechanism of exit from pluripotency gated by ribosome levels in human ESCs.

2023年8月20日 · We found that CEN180 repeats show higher chromatin accessibility and lower DNA methylation on their forward strand, individual rDNA units show a negative correlation between their DNA methylation...

1、最开始的单独分析就是为了进行注释，利用RNA数据注释ATAC，这样就得到组学的注释结果。 2、一开始就进行RNA和ATAC的联合分析是不可取的，因为一方面增加了注释的难度，而且在含有多种细胞类型的混合样本中联合分析，也没有多大的意义。

To quantify (anti)correlation between chromatin states, we developed a modified normalized mutual information (NMI) metric for assessing the degree of accessibility correlation between genomic regions. NMI analysis of rDNA confirmed the inverse correlation between the active 35S state and accessibility of this upstream element (Fig. 3b).

2023年4月21日 · 华南农业大学园艺学院李雪萍教授和朱孝扬教授团队针对1-MCP不同处理时间点利用ATAC-seq评估成熟过程中染色质可及性差异，RNA-seq探究差异表达基因，通过联合分析锁定关键转录因子CpAGL18，再经EMSA、亚细胞定位、酵母单杂（Y1H）、ChIP-qpcr以及双荧光 …

2025年2月21日 · 研究通过ATAC-seq分析发现MdRAD5B影响466个干旱响应基因的表达，并与MdLHP1互作，通过泛素非依赖的20S蛋白酶体途径降解MdLHP1，进而调控615个基因的H3K27me3沉积，揭示了MdRAD5B在苹果抗旱中的双重功能，为培育抗旱苹果品种提供了候选基 …

2021年11月16日 · 通过结合公开发表ChIP-seq、ATAC-seq、RNA-seq测序数据以及qPCR和ATAC-seq测序实验，本研究进一步研究发现rRNA生物合成抑制是通过关键转录因子DUX蛋白来激活2C基因（图 4）。

2020年5月15日 · ATAC-seq in gliomas and glioblastomas identify hundreds of eccDNAs, including one containing the well-known EGFR gene amplicon from chr7. More than 18,000 eccDNAs, many carrying known cancer driver genes, are identified in a pan-cancer analysis of ATAC-seq libraries from 23 tumor types.