What is spatial transcriptomics from 10x Genomics? Spatially resolved gene expression, or spatial transcriptomics, is a quantitative readout of either whole transcriptome or targeted gene expression mapped to specific locations in a tissue section, and a proven powerful method to understand cellular composition and activity in the native tissue ...

Visium Spatial Gene Expression is a next-generation molecular profiling solution for classifying tissue based on total mRNA. Map the whole transcriptome with morphological context in FFPE or fresh frozen tissues to discover novel insights into normal development, disease pathology, and clinical translational research.

2020年3月24日 · Visium空间基因表达解决方案可测量完整组织切片中的总mRNA，并绘制出现基因活性的位置的图。 简单说，就是将基因的表达情况与切片染色图结合起来，在一个空间的维度上去理解基因表达的分布情况. 包括： 自己实验室需要配备： 出于组织学目的，对新鲜冷冻的组织切片进行成像，并将其放置在包含与RNA结合的捕获探针的阵列上。 将组织固定并透化以释放RNA，使其与相邻的捕获探针结合，从而捕获基因表达信息。 然后从捕获的RNA合成cDNA， …

默认的Load10X_Spatial函数不能像单细胞转录组一样直接读取3个文件，通过View(Load10X_Spatial) 发现该函数写的比较死。 其实我们只需要提取前面读取单细胞数据部分，使用Read10X即可

Pair powerful whole transcriptome spatial gene expression with single cell–scale resolution to discover the unique biology in every micron of tissue. Obtain best-in-class data with the simple-to-run CytAssist-enabled workflow. Manufactured under license from Centrillion.

在 Seurat 中，使用Load10X_Spatial()函数加载10x Visium数据，该函数读入SpaceRanger的输出，并返回一个Seurat对象，该对象既包含基因表达数据，也包含组织切片的相关图像。

2023年8月24日 · 在空间转录组|数据读入，标准数据形式外，还有哪些"天残地缺"可以读取提到了多种形式的数据读取，在原函数Load10X_Spatial的基础上进行了 “简陋”的修改，添加一些判断使之可以读取上文提到的多种数据形式。

将冰冻组织切片放置在10X Genomics Visium芯片的的捕获区域内，进行HE染色和成像后，对组织切片进行透化处理，细胞内的mRNA释放，从而被芯片上带有 oligo-dT 的探针捕获，并且每个探针都带有特异的地址序列，然后以mRNA为模版进行cDNA合成，构建文库后再通过测序 ...

2020年3月24日 · 由于国内网速很慢，建议直接在 此处 下载数据包到本地，然后使用 Load10X_Spatial 函数将其加载到Seurat中。 在生产中，我们实际上加载的数据集通常是自己经过Visium spaceranger 管道生成的结果文件，而非直接从网上下载的数据集。 从10X Visium流程中生成结果文件的方法： 10X空间转录组Visium学习笔记（三）跑通Visium全流程记录. 查看目录结构. ├── spatial # 实际上需要的文件②；记录空间信息:用户提供的原始全分辨率brightfield图像的 …

2024年9月9日 · 【10X空间转录组Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191205） 今天是2019月12月3日，10X空间转录组的新流程发布了，比起安装旧版的ST Spatial系列好装了太多太多。