
3C,4C,5C以及HiC测序技术都有些什么不同? - 知乎
Hi-C 技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),是分析染色质三维空间结构的一种测序方法,用于研究三维基因组。 什么是三维基因组? 先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固。 一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30min,但是此步骤会减少限制内切酶对DNA序列的消化效率,需要严格控制。 用限制性内切酶切割基因组,打断后的片段大小会影响测序分辨率,一般有两种酶可供选择:6bp 的限制性内切酶,4bp 的限制性内 …
走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome …
在过去10年中,染色体构象捕获(chromosome conformation capture 3C)技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET),使人们能够以超强的分辨率和高通量测序分析细胞核内的三维立体结构
3C-PCR: a novel proximity ligation-based approach to phase
Herein, we present an inexpensive and efficient proximity ligation-based method called 3C-PCR for phasing chromosomal rearrangement breakpoints with distal allelic variants. 3C-PCR uses canonical chromosome conformation capture (3C) libraries for targeted distal phasing by implementing a novel nested PCR strategy with primers anchored across ...
3C-digital PCR for quantification of chromatin interactions
2016年12月6日 · Chromosome conformation capture (3C) is a powerful and widely used technique for detecting the physical interactions between chromatin regions in vivo. The principle of 3C is to convert physical chromatin interactions into specific DNA ligation products, which are then detected by quantitative polymerase chain reaction (qPCR).
3C PCR 的结果应如上图所示,对于在基因组中相距10kb 和80kb 的两个片段, 用对照模板扩增应没有明显区别,而用3C 模板扩增则10kb 的片段应扩增出更 亮的条带。
走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome …
2018年11月30日 · 在过去10年中,染色体构象捕获(chromosome conformation capture 3C)技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C, ChIA-PET),使人们能够以超强的分辨率和高通量测序分析细胞核内的三维立体结构
有人可以详细介绍下染色体构象捕获技术(3C)吗? - 知乎
3C技术主要通过将细胞内的染色质进行固定,然后使用能够识别6个碱基的限制性内切酶比如BglII,HindIII,EcoRI或者识别4个碱基的AciI,DpnII进行酶切,酶切之后再进行连接。
Quantitative analysis of chromosome conformation capture assays (3C …
2007年7月5日 · We recently adapted the real-time TaqMan PCR technology to the analysis of 3C assays, resulting in a method that more accurately determines crosslinking frequencies than current...
3C 4C 5C HiC ChIA-PET 以及 ChIP-loop - yulijia.net
2016年4月15日 · 染色质构象捕获(3c)技术是用福尔马林瞬时固定细胞核染色质,用过量的限制性内切酶酶切消化染色质 - 蛋白质交联物,在 dna 浓度极低而连接酶浓度极高的条件下用连接酶连接消化物,蛋白酶 k 消化交联物以释放出结合的蛋白质,用推测可能有互作的目的片段 ...
期待已久的Chromosome Conformation Capture (3C)试剂盒震撼登场
2024年1月17日 · 期待已久的Chromosome Conformation Capture (3C)试剂盒震撼登场,染色体构象捕获技术(chromosome conformation capture,3C),是革新性的绘制染色质相互作用的工具,应用于酵母中研究基因表达时,染色质的空间构象分析,继而发展为在后生动物中研究细胞内染 …