Oct 11, 2012 · Conjugative plasmid transfer presents a serious threat to human health as the most important means of spreading antibiotic resistance and virulence genes among bacteria. The required direct cell-cell contact is established by a multi-protein complex, the conjugative type IV secretion system (T4SS).

4hic: crystal structure of the potential transfer protein trak from gram-positive conjugative plasmid pip501

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基因组捕获技术（Chromosome conformation capture，3C）是最早研究三维基因组的技术，需要提前知道互相作用区域，才能量化一对基因组基因座之间的互相作用。 染色体构象捕获芯片（Chromosome conformation capture-on-chip，4C ），可以捕获一个基因区域其他区域间的互相作用。 该技术不需要知道作用区域的先验知识就可以使用。 染色体构象捕获碳拷贝（Chromosome conformation capture carbon copy，5C） ，可以检测某段区域内所有的互 …

什么是Hi-C，Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法， 研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系， 获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。 Hi-C技术的流程 [2]：

疏水相互作用色谱 (HIC) 是一种蛋白质分离、纯化和表征的传统技术。 随着抗体偶联药物 (ADC) 的不断发展，HIC 在ADC 表征和分析上应用越来越广泛。 与其他技术不同，HIC 允许蛋白质在保持天然结构和活性的温和非变性条件下进行分析。 这一点非常重要，为HIC后续的研究提供了条件。 接下来，我们以一个传统的高效液相仪配合使用硫酸铵缓冲液为例，为大家阐述HIC的关键参数。 并对方法优化注意事项进行了总结。 简介. HIC的方法最早由 Tiselius 提出，他称此技术为" …

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Sep 14, 2023 · 染色体挂载的方法有多种，我这里主要介绍基于HiC测序数据进行染色体挂载，用到了2套软件：allhic和3d-dna pipeline。 allhic为了组装多倍体甘蔗而开发的软件，适用于多倍体，基因组复杂，组装指标一般，序列条数较多的情况基因组，操作相对简单，把所有contig自动分组挂载到预设的30条染色体上。 但挂载本身这个步骤相对其他步骤感觉还是要复杂一些，另外一般还需要用 juicebox手动调整一下自动挂载中的一些错误。 此外这软件还依赖其他软 …

Jul 2, 2019 · 结果文件都放在了生成的 aligned 中，主要文件是 .hic 文件，其中的inter_30.hic 是设置了 mapq threshold >30 后得到的结果。 如果 GPU （cudd）可用，软件还会自动使用自带 HiCCUPS 算法计算 contact domains 并保存在 inter_30_contact_domains 文件夹中。 如果GPU不可用，可手动用自带的 CPU HiCCUPS 算法来计算，后面章节有介绍。 hic文件格式请看 https://github.com/theaidenlab/juicebox/blob/master/HiC_format_v8.docx. 参照官方说明挺容易 …

Nov 23, 2023 · 对Hi-C文库构建中产生的多种分子类型，包括 re-ligation、Dangling ends、self circle 、dump reads 及valid pairs reads等类型。 在 Hi-C 分析中，仅valid pair可以反映基因组上位点与位点间的互作信息。 因此，非重复的valid pair所占的比例是评估Hi-C文库质量的 重要指标。 由于计算资源，数据量等因素，我们往往认为确定一个互作单位：bin。 将基因组按照一定大小分成bin。 将过滤后的有效序列分配到这些bin中。 Hi-C数据中由于内切酶的偏好性、基因组本 …