2020年7月28日 · 当得到差异基因后，很多时候需要作PPI蛋白互作网络，一般需要登陆STRING网站，然后用cytoscape软件作图，本文将通过R包 STRINGdb (记住是大写，这个包 …

在进行 PPI 网络图 绘制时，我们通常会将 STRING 网站与 Cytoscape 软件 结合使用。 但是经常有小伙伴们苦恼，不太会用 Cytoscape 软件进行处理可咋整呐！ 之前我也吭哧吭哧学了点 …

2022年6月21日 · 构建PPI网络一般需要使用string数据库获取蛋白互作信息以及进行互作网络的可视化。 下面探究一下STRING数据库的网页和R语言版的使用： 其他数据库的使用： 跟着Cell …

2022年5月25日 · 构建PPI网络一般需要使用string数据库获取蛋白互作信息以及进行互作网络的可视化。 下面探究一下STRING数据库的网页和R语言版的使用： 1. STRING 数据库基本介绍. …

蛋白互作网络，即 Protein–protein interaction (PPI) network，是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式。 因为蛋白间的相互作用关系复杂，每一个蛋白都是一个节点，多个蛋白间的相互作 …

5’-rApp是指含有5’5’‑腺苷焦磷酸基帽的核酸，具有高能焦磷酸键，是一种活化形式的核酸分子。 5‘-腺苷酰化修饰的寡核苷酸可以在不依赖ATP的情况下连接到不同序列的3’OH端，常用做3‘端 …

本文介绍了如何复现一篇2020年发表在Cell上的新冠研究文章中的蛋白质相互作用网络（PPI）分析。 通过GeNets数据库，读者可以学习如何导入数据、构建网络图并进行聚类分析。 文章提 …

2019年4月17日 · 可以用网页版做，但有上限2000个基因的限制。 所以今天开发一下怎么用R飞一波。 1. 下载STRING数据库中蛋白质相互作用网络. 2. 下载Uniprot ID转换文件. wget -c …

2020年11月27日 · # 读取差异表达的文件，获得差异表达基因列表 . # 查看有多少差异表达的基因需要分析 . # 将基因的ID map 到string 数据库中， 不一定每个基因都能map上 . # 查看有多 …

03-01 5万+ 网络图 是生物信息学中常用的显示不同节点之间关联方向与关联程度的可视化方法。 在富集分析中， 网络图 常被用于表示功能与估计到该功能的 基因 的联系。