BLAT on proteins finds sequences of 80% and greater similarity of length 20 amino acids or more. In practice DNA BLAT works well on primates, and protein BLAT on land vertebrates. BLAT is not BLAST. DNA BLAT works by keeping an index of the entire genome in memory.

2022年1月5日 · BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。 BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。 BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 查询序列过滤，将那些 给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉。 用blastn进行查询的序列用DUST程序过滤，其他的用SEG过滤 。 对DUST和SEG的详细情况，用户可以自己查询资料。 在对核苷酸或蛋白质序列数据库进 …

Blat的全称是The BLAST-Like Alignment Tool，可以称为"类BLAST 比对工具"，由W.James Kent于2002年开发。 当时随着人类 基因组 计划的进展，把大量基因和 ESTs 快速定位到较大的基因组上成为一种迫切的需求。 3、无发表示出包含 内含子 的基因定位。 Blat比对软件 就是在这种形势下应运而生了。 另外，相对于blast，blat使用简单，速度更快，而且不需要建库过程，可以输出多种比对格式的比对结果。 blat特别适合将基因、 cds 重新定位到染色体上，这个在 转录 …

2025年1月8日 · BLAST是将搜索数据库中所有与子序列精确匹配的序列（hit）向两个方向继续延伸，即延伸发生在一两个相邻位置的hit之间；BLAT则可以扩展任何数目的hit。 BLAST将两个序列之间的每个同源区域作为单独的比对结果返回，而BLAT则将它们“缝合”在一起，返回一个大的联配结果。 BLAT有特殊的代码处理RNA/DNA比对过程中的内含子。 因此在RNA/DNA比对中，BLAST返回的是一个包含每个外显子的联配结果，而BLAT返回的是一个大的完整的基因联配结果，可 …

BLAT is commonly used to look up the location of a sequence in the genome or determine the exon structure of an mRNA, but expert users can run large batch jobs and make internal parameter sensitivity changes by installing command-line Blat on their own Linux server. BLAT can't find a sequence or not all expected matches

Untranslated indexes are used for nucleotide-based blat queries and the in-silico PCR utility. A normal blat index uses approximately one-quarter of a byte per base. For blat on smaller (primer-sized) queries or for in-silico PCR, it is recommended that you use a more thorough index that requires one-half of a byte per base.

BLAT is a pairwise alignment tool similar to BLAST. It is more accurate and about 500 times faster than the existing tools for mRNA/DNA alignments and it is about 50 times faster with protein/protein alignments. BLAT accepts short and long query and database sequences as input files. The basic usage of BLAT is:

BLAT connects each homologous area between two sequences into a single larger alignment, in contrast to BLAST which returns each homologous area as a separate local alignment. The result of BLAST is a list of exons with each alignment extending just past the end of the exon.

"Blat" Blat，全称 The BLAST Like Alignment Tool，可以称为 "类BLAST 比对工具" ，对于DNA序列，BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少40个碱基的序列。 对于蛋白序列，BLAT是用来设计寻找80%及以上相

2022年8月15日 · BLAT is much faster than older tools such as BLAST for nucleotide and protein alignments, and it can also perform spliced alignments of RNA to DNA. BLAT uses a space-time tradeoff to compare sequences quickly. BLAT precomputes an index of all nonoverlapping k …