2025年1月9日 · ClayFF力场常用于黏土及水分子/阴阳离子的模拟，最早于2004年发布于JPCB（https://doi.org /10.1021/jp0363287），引用千次有余。 但网上关于该力场的讨论似乎较少，特别是其在GROMACS中的应用。 楼主初学MD，试图基于论文中给出的参数编写GROMACS适用的力场文件，但在此过程中发现一些参数取值略奇怪，： ClayFF力场中，利用简谐振动模型描述羟基OH键的伸缩振动和弯曲振动（见图中右半公式），但将文中Force Constant转 …

本文将介绍如何使用 MS 建模并导出clayff力场参数的方法。 在矿物、岩石、水泥材料的 LAMMPS 模拟中， clayff势 被广泛应用。 然而，常规的建模方法并不能直接设置或导出clayff势参数。 clayff势与 cvff势 在形式上基本相同。 一个比较简单的方法是在MS中建模后使用 forcite模块 设置cvff势，导出data文件后，再用clayff的势参数替换cvff势参数。 然而，在实际操作中，forcite设置cvff势也存在一些问题，比如无法准确识别相同类型的原子（如Si），或者将其识别为两种不 …

分享一些MS中cla..看到大伙都在求MS中forcefield模块怎么用clayff力场，正好翻了一晚上论坛找到了一份15年的资源。 其中有导入力场需要的clayff.off文件、参与lammps计算需要的clayff.fr.

2021年7月22日 · As a general-purpose force field for molecular simulations of layered materials and their fluid interfaces, Clayff continues to see broad usage in atomistic computational modeling for numerous geoscience and materials science applications due to its (1) success in predicting properties of bulk nanoporous materials and their interfaces, (2) trans...

2019年5月4日 · ClayFF is a general force field suitable for the simulation of hydrated and multicomponent mineral systems and their interfaces with aqueous solutions.

ClayFF [1] is a general force field suitable for the simulation of hydrated and multicomponent mineral systems and their interfaces with aqueous solutions.

包含有 EAM， charmm, MM2, OPLS, SW, ClayFF, TraPPE, UFF 等力场以及一些基本原理如 Ewald求和， 范德华力混合规则， 蒙特卡洛移动 等基本原理的论文。 一般力场参数可以在对应的论文里找到。 This section contains references to papers and books that are either the source materials for the methods or force fields in Towhee, or are helpful reviews of those subjects.

Installing gromacs on Ubuntu should be fairly simple. Firstly, you should update Ubuntu's package-manager (apt-get). You can think of apt-get as a command-line driven app-store. Run the commands: This should update the package-manager and then upgrade all default installed packages in Ubuntu.

2023年5月15日 · 老师们好，我已经建立好了蒙脱石模型，现在想用clayff力场编写itp文件，但对这个力场参数中的几种氧原子区分不是很明白，像这张图片中的ohs oh怎么区分,计算化学公社

2019年6月11日 · 1.导入cif文件：先在美国矿物晶体数据库（网站链接 http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php）中，用 Mineral 或者 Chemistry search 等方式来搜索蒙脱石（montmorillonite），下载cif文件，再导入MS中。 2.分配力场：定义好每个原子力场类型（见下图）：Edit Sets（分组）