gmx sham - GROMACS 2025.1 documentation
gmx sham reads one or more .xvg files and analyzes data sets. The basic purpose of gmx sham is to plot Gibbs free energy landscapes (option -ls) by Bolzmann inverting multi-dimensional …
自由能形貌图的绘制 | 模拟轨迹的PCA处理 | GROMACS - 知乎
得到组合文件之后，我们就可以利用gmx的sham命令来生成自由能形貌图了。 sham 是一个挺复杂的命令，可以接受很多输入和输出，建议详细阅读 gmx help sham 给出的帮助信息。
计算蛋白自由能形貌图的简单示例|Jerkwin
2017年12月14日 · 在以前整理的GROMACS分子动力学模拟教程: 多肽-蛋白相互作用中, 提到了一种使用gmx sham计算自由能形貌图的简单方法. 这种方法适用于计算那种和两个变量相关的自 …
gromacs PCA 做自由能景观图 - CSDN博客
2024年8月14日 · 接着我们要从自由能景观图中获取点的坐标，首先获取最低势能构象的X Y Z坐标，获取后再origin的sheet中找到，然后在gsham_input.xvg文件中找到相对应的XY坐 …
求助gmx sham计算的自由能单位是什么 - 分子模拟 (Molecular …
2021年7月19日 · 对轨迹利用PCA的前两个主成分和gmx sham的结果做的自由能势能面图，我想请问一下z纵坐标自由能单位是什么？x和y单位可以用nm吗？
gmx sham — GROMACS 2020 documentation
gmx sham reads one or more .xvg files and analyzes data sets. The basic purpose of gmx sham is to plot Gibbs free energy landscapes (option -ls ) by Bolzmann inverting multi-dimensional …
怎么从gibbs.xpm文件中提取自由能数据？ - 分子模拟 (Molecular …
2022年8月17日 · 但是如果按照链接中文献，只用gmx sham -f gsham-file.xvg -ls free-energy-landscape.xpm的话，输出的Gibbs.xpm是单字符表示颜色的，就能用xpm2txt代码了。
gmx sham 命令中的-b 选项是什么意思？ - 分子模拟 (Molecular …
2024年7月5日 · 各位老师好，之前我从gromacs官网上了解到的关于gmx sham 命令的-b选项的解释，自己不是特别明白，在这里想再请教一下各位，-b后加的值代表时间还是数量？
GROMACS模拟分析-自由能形貌图的绘制 - 知乎 - 知乎专栏
合并rmsd.xvg和rg.xvg文件，把同一时间下的RMSD和Rg数据写在同一行，组合文件中包含三列：时间、RMSD、Rg，可使用如下命令实现。 3. 利用gmx的sham命令 生成自由能 形貌图。 …
利用gromacs软件绘制自由能形貌图 - CSDN博客
3.gromacs的sham绘制自由能形貌图： gmx sham –tsham 310 –nlevels 100 –f out.xvg –g gibbs.log –ls gibbs.xpm –g gibbs.log \ –lsh enthalpy.xpm -lss entropy.xpm #或是： gmx sham …