gmx spol analyzes dipoles around a solute; it is especially useful for polarizable water. A group of reference atoms, or a center of mass reference (option -com) and a group of solvent atoms is required. The program splits the group of solvent atoms into molecules.

2024年3月31日 · 本来gmx grompp就能载入pdb文件。 非要转用gmx editconf或者Multiwfn（载入pdb后主功能100的主功能2里选导出gro）。 当前问题和Multiwfn计算原子电荷产生chg文件毫无直接关系。

gmx anadock基于距离或RMSD对分子对接(docking)软件Autodock的计算结果进行分析, 并将结构划分成团簇. 程序会分析对接能和自由能, 并打印每个团簇的能量统计情况.

2015年8月26日 · 大多数GROMACS程序都可以处理原子数比输入运行文件或结构文件中的原子数少的轨迹, 但轨迹只能包含输入运行或结构文件中的头n个原子. 本文地址: http://jerkwin.github.io/9999/12/01/GROMACS程序文档/, 转载请注明 . 转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自李继存科学网博客。 GROMACS程序选项概述除非指定了选项, 否则不会使用可选文件. 非可选文件与此不同, 当不指定选项时, 会使用默认的文件名.所有GROMACS …

gmx spol analyzes dipoles around a solute; it is especially useful for polarizable water. A group of reference atoms, or a center of mass reference (option -com) and a group of solvent atoms is required. The program splits the group of solvent atoms into molecules.

gmx spol analyzes dipoles around a solute; it is especially useful for polarizable water. A group of reference atoms, or a center of mass reference (option -com) and a group of solvent atoms is required. The program splits the group of solvent atoms into molecules.

2020年12月28日 · F.82 gmx spol:分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化 377. F.83 gmx tcaf:计算液体的粘度 377-379. F.84 gmx traj:输出轨迹文件中的坐标X，速度V，力f，盒子，温度和转动能 379-381. F.85 gmx trjcat:连接轨迹文件 381-382. F.86 gmx trjconv: 转换和操控轨迹文件 382-386

gmx spol程序用于分析溶质分子周围的偶极, 特别适用于极化水模型. 计算时需要一组参考原子或参考质心( -com 选项), 还有一组溶剂原子, 程序会先将溶剂原子组划分为分子, 然后确定每一溶剂分子到参考组原子或其质心的最近距离, 并给出这些距离的累积分布.

2021年4月11日 · 老师，那使用packmoL在盒子里自己填充数千个水分子，用于gmx模拟的话，也可以用立场自带的spce.itp吗。 还 ... 只要结构文件里水分子内的顺序是 O H H就可以

gmx spol - 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化. gmx genion - 在能量有利位置加入单原子离子. 3.2. 蛋白质分析. gmx do_dssp - 指定二级结构并计算溶剂可及表面积. gmx chi - 计算 chi 和其他二面角的所有信息. gmx helix - 计算α螺旋结构的基本性质