2022年10月20日 · 于是，我想到了一个简单的解决办法，即 GXF Patch。 用户只需要提供一个 原始的 GFF3 文件，然后再给一个修改过的 GXF 文件，随后点击 Pacth，这样就可以像打补丁一样，自动更新被修改的部分，比如：

这个工具的主要功能就是修复基因结构注释文件中缺失的部分，基于文件中已有的信息来补充完整。 基因结构注释信息文件是科研中常用的一种数据格式，但它们常常存在一些问题。 首先是“GENE”特征缺失。 有些注释文件可能非常粗糙，比如直接从转录组组装结果得到的GTF文件，它们可能完全没有包含“gene”这一特征。 我遇到的，恰恰就是这个问题。 其次是“mRNA”特征的缺失。 有些基因结构注释文件里，可能缺少了“mRNA”特征，只包含了“exon”（外显子）和“cds”（ …

2021年4月12日 · 回到主题，花了点时间，写了 GXF Fix，然后放到 TBtools 主程序，主要用于修复基因结构注释文件中的缺失部分（基于文件中已有信息）。 常见基因结构注释信息文件问题

回到主题，花了点时间，写了 GXF Fix，然后放到 TBtools 主程序，主要用于修复基因结构注释文件中的缺失部分（基于文件中已有信息）。 基因结构注释信息文件， mRNA：存在一些基因结构注释信息文件，缺少了mRNA feature，只有exon和cds，或者只有cds。 这类文件对于一些转录组分析流程，如 STAR align - stringtie 这个流程来说，可能直接无法动。 UTR：只有极少数物种会提供 UTR区间，一般是只给出exon和cds，甚至只有mRNA和cds，剩下的 UTR 信息其实是很可 …

于是，我想到了一个简单的解决办法，即 GXF Patch。 用户只需要提供一个 原始的 GFF3 文件，然后再给一个修改过的 GXF 文件，随后点击 Pacth，这样就可以像打补丁一样，自动更新被修改的部分，比如：

2022年12月1日 · 回到主题，花了点时间，写了 GXF Fix，然后放到 TBtools 主程序，主要用于修复基因结构注释文件中的缺失部分（基于文件中已有信息）。 基因结构注释信息文件， mRNA：存在一些基因结构注释信息文件，缺少了mRNA feature，只有exon和cds，或者只有cds。 这类文件对于一些转录组分析流程，如STAR align - stringtie这个流程来说，可能直接无法动。 UTR：只有极少数物种会提供 UTR区间，一般是只给出exon和cds，甚至只有mRNA …

2021年4月13日 · 回到主题，花了点时间，写了 GXF Fix，然后放到 TBtools 主程序，主要用于修复基因结构注释文件中的缺失部分（基于文件中已有信息）。 常见基因结构注释信息文件问题

2021年4月13日 · 回到主题，花了点时间，写了 GXF Fix，然后放到 TBtools 主程序，主要用于修复基因结构注释文件中的缺失部分（基于文件中已有信息）。 常见基因结构注释信息文件问题

2022年12月1日 · 那么简单的办法，即直接基于转录本序列或CDS和基因组序列文件，直接重构 GFF3 文件。 Max Pre Hit：功能基于BLAST，一般无需调整，如果速度太慢，考虑降低为 50 或者 10。 增加这个参数的主要原因是，BLAST输出的靠前的hit不一定是最优的hit，甚至第一个也不一 …

2024年1月8日 · 当我在Input中输入CHD4时没有结果！ 需要注意的是ID=gene:ENSMMUG00000018685，或者冒号是中文字符状态下的，都无法显示结果，必须和gff一模一样。 TBtools功能非常强大，我在使用GXF Selector的时候参照了生信石头的笔记，链接如下： 实用 | 优雅地提取部分基因结构注释信息按理说，操作非常简单，但是在输入gene id之后一直得不到结果： 以猕猴中的基因：CHD4 …