2022年11月18日 · HMMER能够从蛋白或核酸序列中提取出域家族从而构建隐式马尔可夫模型（profile hidden Markov models, profile HMMs），从而用于同源序列检索，注释新的序列。 需要用到的软件包括mafft，hmmer，seqkit。 MAFFT是一款多序列比对软件，相比起多序列比对的明星软件ClustalW，MAFFT在准确性和速度上均具有优势。 准确性上 MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW，比对速度上 Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee [1]。 因此我们在这里采 …

你已知序列，属于某个蛋白家族，那么使用已有蛋白家族成员的序列信息，你可以生成一个HMM模型（一般叫profile） ，有了这个模型，你可以计算，怎么把你手头序列插gap，算错配，得到一个最接近模型的排布。

Profile HMMs are probabilistic models that encapsulate the evolutionary changes that have occurred in a set of related sequences (i.e. a multiple sequence alignment). To do so, they capture position-specific information about how conserved each amino acid is in each column of the alignment, see Figure 2.

隐马尔可夫模型 (Hidden Markov model, HMM)是用于序列标注的概率图模型，描述一个隐藏的马尔科夫链生成不可观测的状态序列，再由每个状态生成一个观测而产生一个观测序列的过程，是一个生成模型。

2020年4月10日 · 隐马尔科夫模型（Hidden Markov Model，以下简称HMM）是比较经典的机器学习模型了，它在语言识别，自然语言处理，模式识别等领域得到广泛的应用。 当然，随着目前深度学习的崛起，尤其是 RNN，LSTM等神经网络序列模型的火热，HMM的地位有所下降。

HmmerAlign使用一个代表序列的小种子对齐来创建一个profile HMM，然后将该profile HMM用作对齐整个序列集的模板. 一般来说，在蛋白质建模过程中，profile文件（PSSM或者profile HMMs）只是在寻找 模板 这一步中发挥作用，那么如果确定了模板，也许不再用到profile文件了。

2024年3月8日 · HMMER是一种基于隐马尔可夫模型（HMM）的深度学习算法，现已成为代替BLAST算法进行基因家族鉴定的有力工具。 利用 hmmer 构建隐马尔可夫模型并寻找同源基因。

HMM隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔可夫链随机生成不可观测的状态的序列，再由各个状态随机生成一个观测从而产生观测序列的过程。

HMM profile analysis can be used for multiple sequence alignment, for database searching, to analyze sequence composition and pattern segmentation, and to predict protein structure and locate genes by predicting open reading frames.

HMM（Hidden Markov Model,隐马尔科夫模型），是一种序列特征谱（Profile），其搜索是基于蛋白质多序列比对结果中的保守序列区域进行检索，并考虑了不同保守度的氨基酸在相应位置的权重，可以更为敏感的检测到进化…