2021年3月1日 · 一款新的软件Merqury, 基于Kmer的方法进行鉴定，据文章说是目前最牛叉的，现就consensus quality value (QV) 评估进行说明， 其中图b的红色区域，用于鉴定QV，Q30等于99.9%正确率，Q40为99.99%正确率

介绍：Merqury是一种基于 k-mer 的基因组组装质量评估工具，通过基因组组装的一致性质量值（QV）评估组装的准确度，通过k-mer的多样性和计数图以及完整度值（completeness）评估基因组组装的完整程度。 github： https://github.com/marbl/merqury介绍：Merqury是一种基于k-mer的基因组组装质量评估工具，通过基因组组装的一致性质量值（QV）评估组装的准确度，通过k-mer的多样性和计数图以及完整度值（completeness…

2022年3月19日 · Merqury 生成的指标有 一致性质量（QV） 和 k-mer 完整性。 当亲本基因组序列可用时（组装或未组装）， Merqury 可以输出单倍型完整性、相位块统计、切换错误率以及可视化表示子代基因组的相位一致性。

Often, genome assembly projects have illumina whole genome sequencing reads available for the assembled individual. The k-mer spectrum of this read set can be used for independently evaluating assembly quality without the need of a high quality reference. Merqury provides a set of tools for this purpose. Note that igvtools is no longer used.

2020年9月14日 · Unique to Merqury, the generated metrics include consensus quality (QV) and k-mer completeness, and when parental genomic sequences are available (either assembled or unassembled), Merqury can output haplotype completeness, phase block statistics, switch error rates, and visual representations of phase consistency for the child’s genome.

2023年4月11日 · qv值和完整性影响因素： 完整性：QV高，完整性不一定高，跟物种的杂合度可能也有一定关系。 目前发现如果二代和三代基因组不是一个样本，merqury评估结果较差。

Yak is initially developed for two specific use cases: 1) to robustly estimate the base accuracy of CCS reads and assembly contigs, and 2) to investigate the systematic error rate of CCS reads. It achieves the goals by comparing sequences to the k-mer spectrum of short reads or by comparing spectra. No reference genome or truth data is needed.

merqury是评估基因组质量的一个新工具，基于Kmer对基因组进行评估，获得一致性质量（QV），组装完整度（通过Kmer_multiplicity & Count 图和comleteness值获得）。可以无参考基因组或数据库的方式评估基因组组…

2021年6月15日 · 也就是基因组大小=（基因切割的Kmer数目）/（主峰深度） 杂合和重复会影响统计，而一般的基于Kmer预估基因组的软件会对此做处理,让结果更贴近真实。

2024年10月10日 · merqury是评估基因组质量的一个新工具，基于Kmer对基因组进行评估，获得一致性质量（QV），组装完整度（通过Kmer_multiplicity & Count 图和comleteness值获得）。可以无参考基因组或数据库的方式评估基因组组装质量。