通常我们会对tpm值进行取对数、 正态标准化 和 0-1标准化 。 【对数转换】 取对数时，我们经常在论文中看到log2（tpm+1)，实质上这个底数我们可以取2，也可以取e或10.

Log2 is used when normalizing the expression of genes because it aids in calculating fold change, which measures the up-regulated vs down-regulated genes between samples. Log2 measured data is...

2024年10月24日 · TPM代表“每百万转录本中的转录本数”（Transcripts Per Million），它也是一种标准化的基因表达量度，在表达量的计算和比较中比FPKM更常用。 计算每个基因在样本中的读取数，并将其除以基因的长度，得到“每单位长度的读取数”（Reads Per Kilobase, RPK）。 将所有基因的RPK相加，得到样本中所有基因的总RPK值。 将每个基因的RPK除以样本总RPK值，然后乘以一百万，得到TPM值。 FPKM （Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped …

2022年3月16日 · 如果获得的是TPM或FPKM，也可以用Limma进行差异分析 对于单个基因的分析，秩和检验或t检验都可以，这个针对你的分析要求决定，方法中说明即可 回复

2022年6月28日 · log化的TPM能做差异分析吗？ 首先，最好使用原始计数数据而不是标准化数据。 使用log2TPM进行差异分析时应采用无参方法，无参方法不考虑样本分布。

2017年8月16日 · The Log2 fold-change (L2FC) is an estimate of the log2 ratio of expression in a cluster to that in all other cells. A value of 1.0 indicates 2-fold greater expression in the cluster of interest. The p-value is a measure of the statistical significance of the expression difference and is based on a negative binomial test .

2019年1月11日 · TPM (Transcripts Per Million) refers to how much RNA is present in a sample. For example, a Log2 TPM of 9 means that for every million transcripts in your sample, 2^9 of them are from gene A. It is the expression level of gene A in a sample. Log2Foldchange describes how one sample is different from another.

Log2 Transform. For general purposes, it is common to log-transorm RNA-Seq count data. This makes the data resemble a normal distrubution, making it more appropriate for a number of techniques which assume normality, such as Pearson correlation or classic linear modelling.

2，芯片或者测序数据的log2转化. 一般情况下，我们的芯片或者测序给出来的原始值范围都是非常大的，例如Agilent芯片的信号强度从0到 65535 ，tpm从0到2 5000 。

2024年4月6日 · 众所周知，正常的单细胞数据应该给我们提供count，但偏偏有一些数据是特殊的，给的是tpm数据。 准确来说应该是log2 (tpm/10+1)