2020年2月13日 · 请教一下老师，如果蛋白是有多链的话，怎么给每条链分别分成一组呢？输入make_ndx -f protein.pdb后没有看到chainA\B\C的信息，直接输入 chain A 提示Found 0 atoms with chain identifier A，但是pdb中已经标识好了，不知道怎么选择chain，谢谢！

2023年8月28日 · 现在我想计算小分子头部苯环到蛋白TM6上端残基的距离，但是不知道怎么用gmx_mpi make_ndx 指令得到小分子头部苯环的索引，请问大家怎么选可以生成小分子头部苯环的索引？

2024年12月10日 · 请问各位老师一个简单的问题，我初次接触分子动力学，需要模拟蛋白质和小分子配体的反应。目前已经通过卢天老师的指导课程进行到gmx make_ndx-f pr.gro 这个步骤，但是怎 ...,计算化学公社

2024年1月4日 · gmx make_ndx -f input.gro -o output.ndx 这将打开交互式界面，您可以在其中选择要包含在索引文件中的分子和原子。 按照提示进行操作，选择适当的分组。

2024年9月23日 · 先用make_ndx 做个有环糊精组的index.ndx文件，之后rms时-n index.ndx 再选那一组。 不用再模拟，分个组就 ...

2022年10月8日 · 北京科音自然科学研究中心 （http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训： 初级量子化学培训班 、 中级量子化学培训班 、 高级量子化学培训班 、 量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班 、 分子动力学与GROMACS培训班 、 CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。 这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！ 培训各种常见问题 …

2024年8月20日 · gmx make_ndx只是按照一般的原子类型、距离关系之类的分类，不一定总能自动选出来 你只需要知道你的目标物的原子ID范围，用a 1-100之类的语句选就行了，然后用"name ID 名称"给它个名字

Colab is a hosted Jupyter Notebook service that requires no setup to use and provides free access to computing resources, including GPUs and TPUs. Colab is especially well suited to …

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