1 天前 · 楼主你好，lampps里长程力处理如pppm等，在盒子距离内的力，用potentials计算，超出盒子距离的力，采用傅立叶转化在倒空间中计算，在预平衡不计算长程力对结果有影响么？

本文介绍一个关于“pppm”的一个改错技巧。 在lammps力场设置中，如果pair类型带有“long”关键词，需要计算长程库仑力，如： lj/cut/coul/long 。 长程库仑力的计算需要特定算法，在lammmps中对应的是kspace_style命令：

2023年6月8日 · 当使用包含长程项的势函数设置（比如buck/coul/long）时，长程项在截止半径外在k空间内求解，需要用kspace_style指定求解器，pppm求解器需要ppp三项周期性边界条件；

2023年5月8日 · 建议计算长程经典作用力时候，采用该算法pppm，写法：kspace_style pppm 1.0e-4。该算法比ewald的要快很多倍（5倍以上，测试过），精度选择1.0e-4即可（自己选择）。

2019年4月17日 · 也是困扰了很久问题，每次我进行建模计算的过程中，非常频繁的出现报错就是out of range atoms - cannot compute PPPM。 之前一直按照我师兄教我的办法去减小步长去进行计算。

2020年9月14日 · 本文介绍一个关于“PPPM”的一个改错技巧。 在lammps力场设置中，如果pair类型带有“long”关键词，需要计算长程库仑力，如：lj/cut/coul/long。 长程库仑力的计算需要特定算法，在lammmps中对应的是kspace_style命令： 这个算法不是特别好用，经常会提示错误，最常见 ...

2024年4月15日 · 为了选择可提供快速、准确模拟的 pppm/disp 参数，有两种方法，它们都有各自的优点和缺点。 第一种方法是通过 kspace_modifyforce/disp/real 和 kspace_modifyforce/disp/kspace 命令设置所需的实空间和 kspace 精度。 请注意，精度必须以力单位指定，因此取决于所选的单位设置。 对于实数单位，0.0001 和 0.002 似乎可以为实空间和 k 空间精度提供合理、准确且 高效的 计算。 0.002 和 0.05 对于大多数使用 lj 单位的系统来说效 …

2022年6月24日 · 本文介绍一个关于“PPPM”的一个改错技巧。 在lammps力场设置中，如果pair类型带有“long”关键词，需要计算长程库仑力，如：lj/cut/coul/long。 长程库仑力的计算需要特定算法，在lammmps中对应的是kspace_style命令： kspace_style pppm 1.0e-4

三种经典的算法-- PME, SPME 和 PPPPM --都有着相同的思路, 仅仅是在一些细节处理上不同. 基本步骤为: 力的分配: 在MD中, 从泊松方程计算出能量后, 需要计算每个电荷受到的力. 为了将电荷打散到网格上, 需要一个分配函数 W (\mathbf {r}) . 例如, 在一维系统中, 处于 x 处的单位电荷通过 W (x_p - x) 分配到临近的格点 x_p 上. 对于点电荷分布 \rho (x) = \Sigma_i q_i \delta (x-x_i) , 格点处的 …

2024年3月29日 · 可能是模型的问题吧，用soft势或者nve/limit之类的跑一下，还不行就缩小步长。 赞！