2020年7月28日 · 当得到差异基因后，很多时候需要作PPI蛋白互作网络，一般需要登陆STRING网站，然后用cytoscape软件作图，本文将通过R包 STRINGdb (记住是大写，这个包是bioconductor里的，默认的CRAN里有个stringdb，名字一模一样，但是完全不全，前往不要搞错)来进行string蛋白互作分析 ...

现在咱们就得到经典的 PPI 网络图啦！ 其实咱们还可以各种调整，通过下面的 Settings。 咱们这里简单介绍一下网络视图下方的这几个选项，下次再详细介绍嘿嘿嘿！ Legend（图例）： 这个选项展示了网络图中使用的各种符号、颜色和线条的含义。

2022年5月25日 · 构建PPI网络一般需要使用string数据库获取蛋白互作信息以及进行互作网络的可视化。 下面探究一下STRING数据库的网页和R语言版的使用： 1. STRING 数据库基本介绍. STRING是一个已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。 相互作用包括直接 (物理)和间接 (功能)联系;它们源于计算预测、生物之间的知识转移，以及其他 (主要)数据库聚合的交互作用。 STRING中的相互作用有五个主要来源：基因组预测、高通量实验、（保守的）共表达实验、 …

使用 STRING 构建蛋白互作网络（PPI） STRING 链接 string-db.org/ 数据集我使用R语言包 clusterProfiler 中经常用作示例的基因列表 获取gene symbol的代码

2024年9月19日 · 在进行 PPI 网络图绘制时，我们通常会将 STRING 网站与 Cytoscape 软件 结合使用。 但是经常有小伙伴们苦恼，不太会用 Cytoscape 软件 进行处理可咋整呐！

2019年4月17日 · 可以用网页版做，但有上限2000个基因的限制。 所以今天开发一下怎么用R飞一波。 1. 下载STRING数据库中蛋白质相互作用网络. 2. 下载Uniprot ID转换文件. wget -c ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/idmapping/by_organism/ 3. 万事俱备，我们现在手里有三个文件，我整理一下他们之间的关系. options(stringsAsFactors = FALSE) #禁止chr转成factor. setwd("/Users/baiyunfan/desktop")

2019年9月22日 · 我们使用与人类HIV相关的蛋白质互作数据hunam-HIV PPI.csv来构建这个蛋白质互作网络。 在R中，我们可以从存储在R环境外部的文件读取数据。

本文介绍如何利用R语言的igraph包构建和分析蛋白质相互作用（PPI）网络，包括数据准备、网络构建、可视化及度中心性、聚类系数等网络分析方法，旨在帮助研究人员理解蛋白质功能和细胞过程。

Prediction of protein-protein interaction (PPI) networks is an important approach to gain knowledge about protein interactions in model organisms where only a small number of PPI information is available.

Protein–protein interactions (PPIs) are essential to almost every process in a cell. Analysis of PPI networks gives insights into the functional relationships among proteins and may reveal important hub proteins and sub-networks corresponding to ...