The simplest way to output the results of the compute rdf calculation to a file is to use the fix ave/time command, for example: compute myRDF all rdf 50 fix 1 all ave / time 100 1 100 c_myRDF[ * ] file tmp.rdf mode vector

2020年5月29日 · 本文详细介绍了LAMMPS中rdf（径向分布函数）、msd（均方位移）、group/group（相互作用能）及com（质心）的计算方法与输出设置。 通过具体示例，展示了如何设置参数以获取不同物理量的数值结果。 rdf又称g ( r )，rdf的计算与输出通过以下命令计算输出： compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args ... 其中，Nbin类似于切片数，数也多，可能曲线 …

If you wish to spatial- or time-average or histogram per-atom quantities from a compute, fix, or variable, then see the fix ave/chunk, fix ave/atom, or fix ave/histo commands. If you wish to sum a per-atom quantity into a single global quantity, see the compute reduce command.

本文介绍如何使用lammps计算 径向分布函数 g (r)。 径向分布函数（Radial distribution function）是指给定某个粒子的坐标，其他粒子在空间的分布几率。 在lammps中对应的命令为： compute rdf。 compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... keyword/value ... 其中，Nbin为分片数量，一般选择数值为100-500之间。 itype1表示中心原子，jtype1为分布原子。 itype1和jtype1应该成对设置，表示计算第i种原子周围出现第j种原子的概率。 如果不设 …

本文介绍python绘制 rdf曲线 的方法，并且是多条曲线绘制到一起。 演示案例为官方自带案例，水分子的rdf计算，rdf计算代码为： compute gofr all rdf 100 1 1 2 2 1 2 # O - O , H - H , O - H fix rdf all ave / time 100 10 1000 c_gofr [ * ] file rdf . dat mode vector

今天试着练习了compute rdf command 命令如下： compute rdf all rdf 10 fix 5 all ave/time 10 1 10 c_rdf file rdf.out mode vector 用fix输出结果时似乎必须加上 mode vector才行，不然总报错。 可是计算结果出来了，不知道c_rdf[1] c_rdf[2] c_rdf[3]对应的是什么？

2024年4月8日 · 径向分布函数（Radial Distribution Function, RDF），通常在材料科学和化学领域中使用，用于描述物质体系中粒子之间的空间排列情况。它计算的是在一个给定距离范围内，两个特定类型的粒子对出现的概率密度。RDF可以帮助

2021年2月24日 · fix ave/time命令能够对任何全局量进行时间平均， 由用户指定一个或多个需要进行时间平均的物理量。 Nevery，Nrepeat和Nfreq参数指定在什么时间步上使用输入值以贡献平均值。

2024年1月13日 · 在LAMMPS中，计算RDF需要使用以下几个命令： 1. `compute`: 该命令用于计算原子的属性，如距离、角度、能量等。 在计算RDF时，需要使用`compute rdf`命令计算原子之间的距离分布

2021年10月18日 · 在统计力学中，多粒子系统（原子、分子、胶体……中， 径向分布函数（又称对关联函数）描述粒子密度作为距参考原子的距离的函数如何变化。 如果给定粒子当做原点，体系平均粒子数密度为 ρ=N/V，则距原点为r处的局部时间平均的密度为 ρ*g (r) 。 这是对均匀的各向同性系统的简化定义。 文章浏览阅读2.9w次，点赞17次，收藏98次。