
SMR | Yang Lab - Westlake
The SMR software tool was originally developed to implement the SMR & HEIDI methods to test for pleiotropic association between the expression level of a gene and a complex trait of...
孟德尔随机化分析2: SMR - 简书
2024年12月22日 · SMR(Summary data-based Mendelian Randomization)是一个针对汇总数据的孟德尔随机化方法,可以基于GWAS汇总数据进行因果推断 1....
SMR Plate Verb with variable Decay Time *LONG!*
【孟德尔随机化药靶分析】SMR分析 - 腾讯云
2023年11月22日 · 首先要明确SMR分析需要准备哪些文件? 为了方便大家去SMR官方网站查找资料时有所参照,我尽量使用官网原文,附上相应的解说: “We store eQTL summary data in three separate files .esi (SNP information, similar as a PLINK .bim file), . epi (probe information) and . besd (a binary file to store the summary statistics). --update-esi reads a .esi file for updating and backup the original .esi file.
终于开发了适合新手、简单操作的SMR包 - 知乎 - 知乎专栏
2023年12月28日 · 孟德尔随机化 (MR)分析 是阐明 疾病的环境和生物风险因素的因果相关性 的重要工具。 然而,如果用于检测风险因素的 遗传变异 也影响替代疾病途径(水平多效性),因果推断就会被破坏。 蛋白质通常是基因组中编码的生物过程的近端效应物。 此外, 蛋白质 是大多数药物的靶标,因此 药物靶标的MR研究 正在成为 药物开发的基本工具。 总之,我们预计,将所讨论的 药物靶点MR的概念 与 不断增长的遗传和其他“组学”数据 相结合,将使药物靶标MR从人 …
Sensorimotor rhythm - Wikipedia
The sensorimotor rhythm (SMR) is a brain wave. It is an oscillatory idle rhythm of synchronized electric brain activity. It appears in spindles in recordings of EEG, MEG, and ECoG over the sensorimotor cortex. For most individuals, the frequency of the SMR is in the range of 7 to 11 Hz. [1] The meaning of SMR is not fully understood.
deCODE数据处理(四) - 知乎专栏
2023年7月9日 · SMR是Yang Lab开发的一款可用于 GWAS 和表达数量性状位点(eQTL)研究的汇总数据来测试基因表达水平与感兴趣的复杂性状之间的多效性关联的工具,用以测试SNP对表型的影响大小是否由基因表达介导。
SMR(Summary-data-based Mendelian Randomization)使用记录
2023年8月14日 · 本文介绍了如何将GWASsummarydatatxt格式转换为besd文件,包括使用smr工具处理多个besd文件的合并,并详细说明了如何通过beqtl功能获取特定基因的相关数据,生成新的besd文件。
「不吐不快」SMR做孟德尔随机化太麻烦了! - 知乎专栏
2023年9月20日 · 如果想要测试数据的同学,可以关注我的微信公众号,后台发送消息“SMR测试数据”,获取我处理了半天的GWAS数据。 他的优点应该是最初仅试用于做eqtl或者 pqtl 和疾病的因果关系的吧,这方面的数据生态做的还不错。 如果仅做双样本MR,请尽快离开! 之前分享过SMR和TSMR包的区别,结论是没什么区别 今天真枪实弹的使用SMR跑了一遍MR,发现用法太麻烦了 生态做的没有TSMR团队的OpenGWAS好,对数据的兼容性还贼差,还要求必须有Full GWAS …
verbs are identified as either “Verbs” or “Copula Forms” using the Grammatical Category algorithm – only available for English samples ) % Utts with Nonmainstream Forms