DSSP（Dictionary of Secondary Structure of Protein）是用于对蛋白质结构中的氨基酸残基进行二级结构构像分类的标准化算法，由Wolfgang Kabsch和Chris Sander设计。 它的算法建立在经典规范定义的 氢键探测 的基础上，是至今应用最广泛的二级结构定义系统。 使用 GROMACS 进行分子动力学模拟后，得到的轨迹可通过gmx do_dssp命令，调用DSSP对蛋白质的二级结构进行分析。 本文将介绍 如何安装DSSP，并 分析蛋白质二级结构。 -skip 每隔指定数目的帧输出一 …

test.xpm文件就是蛋白质二级结构图了，test_sc.xvg则是蛋白质二级结构百分比含量随时间变化的数据文件。 得到的xpm文件可以通过gmx的xpm2ps命令转换成ps或者eps文件再打开，诸多教程也是采用的这种方法。

2019年12月3日 · Gromacs程序中使用DSSP方法来分析蛋白质二级结构生成两个文件：scount.xvg and ss.xpm。 scount.xvg文件里的内容如下加粗斜体文字，其中的：s0 legend "Structure"、 s4 l ...,计算化学公社

2024年7月10日 · 各位老师好，我用sham命令生成了gibbs.xpm文件，在后续使用xpm2ps命令获得eps文件后，感觉图片不是很美观，想问一下还有没有别的什么方法可以得到比较美观的图片,计算化学公社

gmxxpm2ps -f ss.xpm -bx 0.1 -by 4 -o ss.eps (注：可以修改-bx -by后面的参数改横纵坐标的长度，ss.eps文件可用ps打开，另存为普通照片格式的图片) 7.

2021年3月30日 · 对模拟时间较长的轨迹, 运行gmx do_dssp时候建议使用-tu ns选项, 这样输出的ss.xpm中时间单位为ns, 绘图更好些. 下面是一个示例, 蛋白含122个残基, 不算大, 模拟了50 ns, 每2 ps保存一帧轨迹并计算二级结构.

This is a collection of the tools I used for GROMACS. Hope it helps for you as well. If you use one/some of the tools for your publication (s), I will appreciate if you cite the Zenodo DOI 10.5281/zenodo.6408973. Questions? If you have any quesiotns about …

使用xpm2ps工具将生成的ss.xpm 转换成 eps格式文件，用ps打开保存。 gmx xpm2ps默认的工具导出来会很奇怪，使用刘大佬的修改编译后的gmx_xpm2ps工具导出的图片格式比较正常美观

X PixMap（XPM）是一种基于ASCII编码的图像格式，在 X Window系统 中的应用十分广泛。 [1] XPM最初由位于法国Sophia Antipolis的Bull研究中心的Daniel Dardailler和Colas Nahaboo于1989年提出，后来Arnaud Le Hors对其进行了改进。

2024年4月2日 · 在生物科学研究的殿堂中，DSSP（Dictionary of Secondary Structure of Protein）堪称一把揭示蛋白质二级结构奥秘的金钥匙。 由Wolfgang Kabsch和Chris Sander联手打造的这款算法，凭借其经典的氢键探测策略，至今仍被广泛应用，为解读蛋白质世界中的复杂折叠提供了一种标准化的解析方式。 在分子动力学模拟的旅程中，GROMACS为我们铺就了一条通向理解蛋白质结构的道路。 通过gmx do_dssp这把神奇的指挥棒，我们可以对模拟得到的轨迹进 …