scSLAT package implements the SLAT (Spatial Linked Alignment Tool) model to align single cell spatial omics data. Please check our paper Spatial-linked alignment tool (SLAT) for aligning heterogenous slices on Nature Communications.

2023年11月9日 · Here we propose SLAT (Spatially-Linked Alignment Tool), a graph-based algorithm for efficient and effective alignment of spatial slices. Adopting a graph adversarial...

上个月参加了TICSSO，有幸拜听了高歌老师的报告，得知他们最新的工作—— SLAT算法，用于 Spatial Omics Data Alignment （2023.4.8上线 BioRxiv [1]），实现了跨时间、跨分辨率甚至跨模态的spatial alignment，非常感兴趣，因此拜读了一下他们的文章，抽空写一下我对文章的一下理解和解读。 了解算法细节的可以直接调到第四部分Discussion，欢迎一起讨论交流。 …

scSLAT package implements the SLAT (Spatially-Linked Alignment Tool) model, which aims to align heterogeneous single cell spatial data fast and accurately. scSLAT works well on various spatial technologies (such as Visium, MERFISH, Stereo-seq, seqFISH, Xenium) and can extend to large datasets easily.

2023年11月13日 · Here we propose SLAT (Spatially-Linked Alignment Tool), a graph-based algorithm for efficient and effective alignment of spatial slices. Adopting a graph adversarial matching strategy, SLAT is...

针对上述挑战，2023年11月9日，北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）/昌平实验室高歌课题组于Nature Communication发表题为 Spatial-linked alignment tool (SLAT) for aligning heterogenous slices的研究论文，提出了跨平台、多模态空间组学比对与整合方法SLAT，可有效应 …

2024年10月31日 · 论文提出的模型结构基于 ResNet-50 骨干网络，在其四个残差块后引入了Relation-Aware Global Attention（RGA）模块，通过空间和通道维度的关系感知增强特征表征。 RGA模块结合了全局结构信息，使模型能够关注行人图像中的关键区域，同时使用分类和三元组损失优化模型性能，实现更高的识别精度。 基线网络（ResNet-50）：使用ResNet-50作为基础骨干网络，同时去掉了最后一层的空间下采样，以更好地保留空间信息。 RGA模块的插入： …

RGA (Raster Graphic Acceleration Unit)是一个独立的2D硬件加速器，可用于加速点/线绘制，执行图像缩放、旋转、bitBlt、alpha混合等常见的2D图形操作。 本文使用RK3566，其规格如下： 硬件版本代码名称输入最小输…

2023年4月4日 · This document will show you how to calibrate an MKS RGA device through 'Process Eye Professional'. Calibration will be needed when the collected data shows to much noise >46 AMU, or not defining 'Baseline-zero' accurately. When baseline-zero is not accurate, data in linear mode will show peaks beneath y-axis 0, after >46 AMU. Use Figure 1 as ...

scSLAT package implements the SLAT (Spatial Linked Alignment Tool) model to align single cell spatial omics data. Please check our paper Spatial-linked alignment tool (SLAT) for aligning heterogenous slices on Nature Communications .