2020年7月20日 · We present the Unified Human Gastrointestinal Genome (UHGG) collection, comprising 204,938 nonredundant genomes from 4,644 gut prokaryotes. These genomes encode >170 million protein sequences,...

2021年12月8日 · Version 2.0 of the Unified Human Gastrointestinal Genome (UHGG) catalogue is now available in MGnify, comprising 289,232 prokaryotic genomes clustered into 4,744 species representatives.

2021年1月26日 · 我们展示了统一的人类胃肠道基因组 (UHGG)集合，包括来自4644个肠道原核生物的204,938个非冗余基因组。 这些基因组编码> 1.7亿个蛋白序列，我们在统一的人类胃肠道蛋白 (UHGP)目录中对其进行了整理。 与综合基因目录中的蛋白质相比，UHGP的肠道蛋白质数量增加了一倍多。 超过70%的UHGG物种缺乏培养代表，40%的UHGP缺乏功能注释。 种内基因组变异分析显示有大量的附属基因和单核苷酸变异，其中许多是特定于个体人群的。 UHGG和UHGP将 …

2021年12月8日 · MGnify are excited to announce the release of version 2 of the Unified Human Gastrointestinal Genome (UHGG) catalogue. This is an updated version of the catalogue published by Almeida et al. Nature Biotech (2021). We have added 5,878 new genomes from two studies (PRJEB37358 and PRJNA544527), representing 129 new species.

Comprehensive, high-quality reference genomes are required for functional characterization and taxonomic assignment of the human gut microbiota. We present the Unified Human Gastrointestinal Genome (UHGG) collection, comprising 204,938 nonredundant genomes from 4,644 gut prokaryotes.

UHGP contains all the proteins from UHGG. The UHGG sequences, functional annotations, and metadata are available from the MGnify FTP site. As described in the homepage, the 31 Pfam signature domains of 60 seed proteins (including 2 proteins in UCs) were used to search against UHGP-90 using HMMSEARCH and PSI_BLAST.

2023年1月5日 · We present the Inner Mongolian Gut Genome catalogue, comprising 802 closed and 5,927 high-quality metagenome-assembled genomes. This approach achieved high genome continuity and substantially...

EMBL-EBI领导的国际合作研究团队从人类肠道微生物组数据中汇编和分析了204938个基因组和170602708个基因，生成了迄今为止最全面的人类肠道微生物组序列资源：UHGG和UHGP。 与IGC数据库相比，UHGP提高了115%的蛋白序列覆盖度。 另外，该研究发现超过70%的UHGG物种属于未培养的物种，40%的UHGP缺乏功能注释。 种内基因组变异分析显示了大量的辅助基因和单核苷酸变异，其中许多是人类个体特有的。 UHGG组装数据已保存至ENA，数据编 …

Comprehensive reference data is essential for accurate taxonomic and functional characterisation of the human gut microbiome. Here we present the Unified Human Gastrointestinal Genome (UHGG) collection, a resource combining 286,997 genomes representing 4,644 prokaryotic species from the human gut.

本文生成了代表人类肠道微生物组的20万个基因组和1.71亿个蛋白质序列的基因集，其中的4,644个物种中，有71％缺乏培养的菌株，表明大多数微生物仍有待实验表征。 本研究获得的高质量参考基因组集可极大提高宏基因组研究的分辨率和准确性，对人类肠道微生物组与表型的关联分析提供了数据基础。 遥想十年前Science和Nature发表的微生物组里程碑研究中鉴定出的178个微生物基因组和330万个微生物基因（https://www.mr …