2023年4月3日 · 各位大佬，请问在使用vmd看盒子的时候，怎么固定视角，我希望只看一个面，想比较不同条件下同一个面（长方体的面）的状态。 左图是自己的，右图是文献的，希望可以像右 ...,计算化学公社

在主窗口（VMD main）中点击FILE -> New Molecule. 然后点击Browse 找到需要打开的PDB文件，再点击Load，就可以载入蛋白。 在VMD Display 窗口中，我们可以看到肌红蛋白，如下图所示： 默认是以lines的形式显示的蛋白。

2024年12月15日 · VMD（Visual Molecular Dynamics）是一款功能强大的分子建模软件，主要用于生物化学和材料科学领域的研究，它通过可视化的方式展示分子动力学模拟。 VMD教程中文版详细介绍了VMD的基本使用方法、高级脚本编写以及如何应用于分子模拟和分析等领域。 VMD主要由几个单元组成，第一个单元主要介绍分子图形表现的基础知识，包括如何制作逼真的分子图像；第二个和第三个单元则针对高级用户，深入讲解了VMD的脚本使用，脚本不仅可以提供强 …

+我领取：https://t.1yb.co/K7eT VMD是一款非常小而精致的可视化工具，也是业界非常常用且功能强大的分子动力学可视化软件。 本期讲解了VMD轨迹查看与动画制作 ，Follow me(期待每天和你一起进步！

2020年2月25日 · 具体来说，若原子间距离小于两个原子半径之和的0.6倍就会被VMD视为成键。原子半径是VMD内置的，大部分是Bondi范德华半径。元素的默认半径没法在VMD图形界面里或配置文件里改，但载入结构后可以通过命令行改特定原子的半径。

VMD是一款免费的分子可视化软件，通过该程序可以对GROMACS、Amber、NAMD、Lammps等程序得到的轨迹文件进行处理，实现显示大型分子系统、制作动画、分析轨迹等操作。本文将介绍如何通过VMD渲染得到高分辨率的图片。

vmd不仅可以整体对分子显示风格，也可以对选中部分的原子进行不同的风格显示。 所以，如何选中一些原子则比较重要与灵活。 打开Graphics - Representation，这些内容为导入文件的显示设置。

2015年6月7日 · 下图是VMD自带的alanine轨迹的1至95帧中两末端的C的轨迹，首先运行draw color red设定轨迹为红色（默认为蓝色），然后执行showtrj 1 95 1 "index 1 61" 即可。 圆点是每一帧两原子的位置，图中的结构是第95帧的情况。

vmd是专门为建模、可视化和分析生物大分子(如蛋白质、核酸等)。 可读取 PDB文件 并显示，并提供多种分析、可视化选择、渲染方法，还可以对 分子动力学 （MD）模拟的轨迹进行处理和分析。

2023年10月24日 · 官方下载的最新版的VMD程序，64位，windows版。如果64位打开闪退的话，建议使用32位版本，在我win11上64位工作不正常，换32位就好了。方便官网下载速度慢，或者找不到连接的朋友。VMD是由美国伊利诺大学开发的一款可视化分子模拟软件。