2015年6月8日 · 能计算RMSD、做叠合的程序不计其数，下面用免费的VMD程序（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/）的1.9.3版来演示，而且还将体现如何通过叠加图直观地展现两个结构之间的差异。

2023年7月23日 · To perform this analysis you can take advantage of the RMSD trajectory tool, a built-in function in VMD designed to compute the RMSD. The RMSD analysis process is organized into several intuitive steps, which will be detailed below.

2015年5月11日 · 能计算RMSD、做叠合的程序不计其数，下面用免费的VMD程序（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/）的1.9.3版来演示，而且还将体现如何通过叠加图直观地展现两个结构之间的差异。

此处将通过免费软件vmd来演示如何将两个结构进行叠合，并计算rmsd值。 1.载入蛋白质. 将模板蛋白质和目标蛋白载入到vmd窗口中。为直观比较，将两个结构采用不同的颜色进行绘制（具体可点击往期推文链接前往查看 vmd-分子结构可视化）。可以看到此时结构并 ...

2006年3月8日 · The upper right corner of the menu has a button labeled RMSD. Its effect depends on which of the Top , Average , or Selected radio buttons are selected. If Top is selected, VMD calculates the RMS distance between the top molecule (which is usually the last molecule loaded) and every other molecule.

The RMSD is a measure of the average distance between the atoms of a stacked protein (usually the backbone atoms). RMSD calculations can be applied to other non-protein molecules, such as organic small molecules.

2023年12月17日 · 我的想法是利用vmd软件的rmsd工具选区域并计算得到rmsd的数据，接着通过平方计算得到msd，之后拟合获得离子的扩散系数。 目前我先通过VMD（图2）与gmx msd（图3）分别计算整个体系的MSD来验证想法，但是两者计算出来的曲线趋势都不一样，这是什么原 …

2017年12月20日 · 但是在计算RMSD时，用vmd计算的结果和用rms计算的结果差的很多，不知道是在哪一步操作上有问题。 希望各位帮助，给出一个详细的计算步骤。 我之前的操作如下：

分子动力学模拟入门（四）：vmd轨迹可视化，动力学模拟轨迹后处理，rmsd与氢键的计算 23:42 分子动力学模拟入门（五）：蛋白质配体复合物的动力学模拟（gromacs）

2021年12月20日 · 此处将通过免费软件vmd来演示如何将两个结构进行叠合，并计算rmsd值。 1.载入蛋白质 . 将模板蛋白质和目标蛋白载入到vmd窗口中。为直观比较，将两个结构采用不同的颜色进行绘制（具体可点击往期推文链接前往查看 vmd-分子结构可视化）。可以看到此时结构并 ...