
WDL学习笔记 | 生物信息文件夹
2021年5月19日 · WDL全称是Workflow Description Language,是Broad Institute专门开发用来跑流程的语言。 由于是需要快速建立流程,因此这个语言的特点就是可以快速编写,简单易懂(我还是觉得Snakemake比较容易上手)。 WDL基本元件有5个,分别是定义总流程的workflow、定义单个任务的task、运行任务的call、定义任务中命令的command以及输出output。 下面将以bwa比对流程为例,展示WDL的语法。 WDL支持以“#”作为注释,另外为了格式规范,建议使用四个空 …
WDL教程-基本概念篇 - 知乎 - 知乎专栏
WDL是 Broad Institute 开发的“human readable and writable”定义组织任务与工作流的一种语言。从开发者及开发者赋予的名字中,我们就能看出WDL是一个面向生物信息/基因组学领域的专业的工具。
WDL脚本实战(一)-工作流、程序体、语法检查、输入输出及运 …
2021年11月28日 · WDL(Workflow Description Language)是一种用于定义数据处理工作流的语言,旨在帮助研究人员和开发人员描述和执行复杂的数据处理任务。WDL主要用于生物信息学领域,但也适用于其他需要定义多步骤数据处理的领域。
openwdl/learn-wdl: Educational materials for learning WDL - GitHub
The Workflow Description Language (WDL or 'widdle') is an open source scripting language which allows you to specify data processing workflows with a human-readable and -writeable syntax. WDL was originally developed for genomics, but can be extended to other domains.
GATK官方推荐的workflow语言-WDL - 简书
WDL是一种流程管理语言,语法简单,内置的支持并行等特征,适合编写pipeline。 运行 wdl 脚本只需两步,第一步编辑参数列表对应的 json 文件,第二步直接运行即可。
标准流程描述语言 WDL 阿里云最佳实践 - 阿里云开发者 ...
2019年8月30日 · WDL 作为全球基因组与健康联盟 (Global Alliance for Genomics and Health)支持的工作流描述语言,已经被越来越多的客户所采用。 通过阿里云的 Cromwell 方案,用户可以本地开发测试WDL流程,再使用云计算强大的计算能力,来完成基因组学数据分析工作。
[每周一更]-(第112期):WDL(Workflow Description Language) …
2024年8月30日 · WDL(Workflow Description Language)是一种用于定义 数据处理 工作流的语言,旨在帮助研究人员和开发人员描述和执行复杂的数据处理任务。 WDL主要用于生物信息学领域,但也适用于其他需要定义多步骤数据处理的领域。 WDL的设计目的是简单、易读、可扩展,并与各种执行引擎兼容,如Cromwell和MiniWDL。 WDL脚本的基本结构包括以下部分: 任务(Task):定义单个步骤的具体操作,包括输入、输出和命令。 工作流(Workflow):定义 …
wdl教程中文版 - 知乎 - 知乎专栏
2025年1月28日 · 教程内容较长,原始 md 文件有需要的,公众号后台回复"wdl教程"获取,下面为部分截图。 除夕之夜,祝大家新年快乐。 之前翻译的一版wdl中文教程。 教程内容较长,原始 md文件有需要的,公众号后台回复"wdl教程"获取,下面为部分截图。
GitHub - openwdl/wdl: Specification for the Workflow Description ...
The Workflow Description Language (WDL) (pronounced as /hwɪdl/ or "whittle" with a 'd') is an open standard for describing data processing workflows using a human-readable/writeable syntax.
Wdl——定义Pipeline引用的WDL程序信息。其中只需要指明: 1)WorkflowFile: 它指向WDL脚本代码目录的主程序文件,包含主Workflow定 义。 2)Blob: 打包并压缩WDL源程序目录成为一个文件,然后读出整个文件作为字节 流。打包的算法请咨询极道。
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