sam/bam格式：源于别人的最全的 - 简书
2018年7月10日 · SAM格式，是一种用于存储测序序列比对结果的通用格式，以TAB为分割符。 SAM格式的设计理念是：灵活存储所有比对信息。 SAM一般为11列以上，其中前11列为已定 …
Obtaining uniquely mapped reads from BWA mem alignment
2017年6月7日 · In this particular case, I can use grep -v on the uncompressed SAM output to exclude alignment lines that have the XA tag (and re-compress to BAM afterwards, just to be …
理解SAM文件格式以及过滤sam文件 - 简书
2019年11月30日 · 今天这篇文章学习一下sam文件的格式，以及如何根据read比对的质量来过滤你的sam文件。 一般比对后生成的SAM文件怎么查看里面的内容呢？ 然后会显示如下内容： 头 …
NGS数据格式02-SAM/BAM最详细解读 - 知乎 - 知乎专栏
OX:Z:sequence+ Raw (uncorrected) unique molecular identififier bases, with any quality scores (optionally) stored in the BZ tag. In the case of multiple unique molecular identififiers (e.g., one …
BWA 0.7.12 and Unique reads, -r, -c options, XA: and SA ... - biostars
There is no XA:U if it exist it is XA:Z and is followed by 3 or more genomic coordinates, and that makes me believe that this is not a uniquely mapped read. To wrap it up I remove from the …
SAM格式详细说明 - 简书
2018年7月9日 · md:z 代表序列和参考序列错配的字符串(例如md:z:45a2c3 失配碱基的位点，45,45+2两个位点失配) XT:A:U read只有一个完整比对，U unique XT:A:R read有一个以上 …
XA tag from bwa - SEQanswers
2013年5月8日 · When I convert my SAM output to BAM format with SAMTOOLS VIEW I get the following stderr: [samopen] SAM header is present: 6 sequences. Note the "XA:Z:" tag, which …
生物信息学100个基础问题 —— 第21题 SAM/BAM中的附加标记信 …
2018年4月17日 · 关于type不同字母对应的不同数据类型，把sam的官方文档贴一下，共大家参考。其中，最常用的就是i（带符号的数字）；z（可直接输出字符串，可以包含空格）； 图2 …
sam格式详细说明 - 青蛙快飞 - 博客园
2019年4月12日 · sam是一种序列比对后的输出格式，以tab作为分隔符，包括头部信息和比对信息。 其中头部信息必须在比对信息之前。 头部信息的开头是@，但是比对行不是。 每一个比对 …
sam/bam 文件官方详细解释（包含所有tags） - CSDN博客
2020年6月18日 · BAM文件 （Binary Alignment/Map格式）是用于存储大规模测序数据的二进制 文件 格式，特别是用于存储序列与参考基因组的比对结果。 它是 SAM （Sequence …